少年时，朱耐根跟随祖父在北京生活，热爱京剧，并得到了谭鑫培的真传。后来，他以票友的身份，在上海、杭州、汉口、常州等地进行义务演出，与另一位票友王君直齐名，被称为“南朱北王”。他被列入了谭派名人的行列，连苏少卿都曾赞不绝口：“如浮云遮月”，“媲美小余”。

中年后，朱耐根继续以票友身份在上海居住，他被尊称为“耐二爷”和票界宗师。他精通谭派唱腔，并且在扬州和常州传授技艺。他的学生包括宝应的票友们，如佑申和郭季良，他们与他切磋技艺，并深受其教益。在宝应研习京剧的人数众多，这也要归功于朱耐根。

朱耐根的唱片《法场换子》、《梅龙镇》（与夫人魏雅兰合作）和《探母回令》（与陈小田合作），至今仍是研究谭派声腔艺术不可多得的资料。这三张唱片因为没有谭鑫培灌制，所以对研究者来说极为珍贵（现存上海图书馆）。