我再三削弱了地方的军事力量，增强了中央集权。他在建立新政权不久，就下令废除了郡国都尉制度，将兵力统一归于守卫和行政长官。接着，他又取消了各郡、国的常备轻车骑士、材官和楼船士四种武装，并废除了每年一度的都试仪式。随着这一系列改革，守卫和行政长官所掌握的军事权力也被撤销。郡、国中的军队规模大幅减少，大多数情况下无法参与战争。重要战役则依赖于中央政府直接控制下的军队。

中央政府主导下的主要四支军队中，有两支驻扎在首都。一支南方军由光禄勋负责，其中包括七个部署：五个中郎将分别指挥五官府的卫兵、中郎将、中候以及羽林左监与右监，他们负责宫殿护卫与侍从任务；另一部分由卫尉管理，专门负责宫门防护。

北方方面，则有一个中候一职，下分为五营，即屯骑营、越骑营、步兵营、长水营及射声营，每个营设有校尉一人，对其所属兵力进行管理，并保卫京师安全。

至于地方上的两个主要部队，一是黎阳营，它汇集自幽州冀州并州三地之兵骑，在今河南省浚县东地区驻扎，其主要任务是保护黄河以北地区，为首都雒阳提供北面屏障；二是雍营，它位于陕西省凤翔南地区，其职责包括维护三辅（左冯翊、右扶风和京兆尹）的安全，这也是对雒阳西面的一道防线。在安帝时期，由于需要应对鲜卑贵族的威胁，又在渔阳（今北京怀柔）设置了一支新的边防部队。此外，还有使匈奴中郎将、度辽将军、护乌桓校尉及护羌校尉等领导的人马，他们直属中央政府，负责边疆安全事务。