在1645年6月，清军攻破了南京。同一年，李自成的命运在九宫山走到了尽头。一年间的博弈，最终导致南明和大顺都落得输家，而满清则稳固了自己的江山。李万刚认为，这其中与史可法联手清除李自成所表现出的战略失误以及对诸多将领指挥不当有着密切关联。尽管史可法未能完成他那宏伟的事业，但他的忠诚和勇敢却被后世赞誉无量。当时，史可法作为督师，在江北一带，他面临着李自成与清军之间的较量。在这场冲突中，本应是明朝从中获益、收复失地的大好机会，但史可法竟然向朝廷提出了一个出人意料的奏章。他提出，只要清军能够消灭叛军，即便是敌人，也为我们报了一箭之仇，并顺应历史潮流，我们先以国家的大仇为重，再考虑前辈们的过错。此外，他还建议借助于对方强大的力量来彻底铲除所有不良势力，这也是一种不得已而为之的事情。在他的眼中，如果情况发展到让“虏”（指清军）渡过河流，那么就应该派遣文武官员去达官长或直接通告多尔衮，以此表明我们的合作态度。如果没有这些举措，就会给“虏”留下杀我们无名且想要消灭我们的手段。而如果能及时采取行动，就可能一次性解决掉所有问题。但遗憾的是，这样的判断显得过于天真。

面对两个敌人的挑战，一方是被称作“寇”的李自成农民起义队伍，一方是被视作“虍”的满洲族入侵者——即清军。不过，当时正值两股力量激烈交锋，“寇”已经被迫逃离北京退往陕西，而清军主力则因牵制于农民起义而暂时无法兼顾弱小的小朝廷——即南明。这一现象常见于鹬蚌相争，渔翁得利的情形，或许这就是明朝最终能够从这一混乱局势中获益并成功光复自己大好的机会。而弱小但新生的南明政权绝不能同时反击两面，其胜败关键在于如何选择正确的主攻方向。但身为兵部尚书、实质上的首席将领之一的人物，却做出了错误决策，将精力集中在了北方由“寇”统治的地方，而忽视甚至幻想着可以联合外来的异族力量来抗衡内部威胁，这种战略决策堪称致命错误。