朱元璋，俗称“泥腿子皇帝”，在南京巩固了自己的统治地位。他采取了一系列措施来管理官员，并建立了所谓的“皇家秘密部队”——锦衣卫。明史学者马渭源指出，明初的官员职责繁重，其衣食住行都有严格规定，对于违规行为，朱元璋从不手软。在他的统治下，一些酷刑如剥皮、洗脑抽肠和阉割等广泛使用，最令人震惊的是对大画家倪瓒的处理，他被施以粪桶刑。

对于达到一定级别的官员，他们可以享用标准宿舍，这是朱元璋为了提供舒适环境，让他们专心工作的一种方式。当时，锦衣卫会秘密监视这些官员，每位新上任的人都会收到一份《授职到任须知》，类似现代的工作日志，每个官员都必须记录自己的工作情况。

尽管朱元璋对官员们进行了严格管理，但仍有一些贪污腐败的情况发生，对此他毫不留情。最残忍的惩罚之一是活剥人皮，将犯人的头砍下，然后剥去皮肤，再在皮肤中放入草料，使其像稻草人一样立在衙门前，以警示后来的官员。

还有其他几种酷刑，如锡蛇游，其中将烧热的锡液倒入犯人的嘴里，一直填满整个口腔。宫刑也是一种常见惩罚，在明朝，有多名高级官员遭受宫刑。这包括一个叫李某的人，他先被开除公职回家，但由于生活困难，不得已卖掉自己的女儿。朱元璋得知后极为愤怒，将李某抓捕并施以宫刑。

当然，也有无辜之士遭受惩罚，比如大画家倪瓒。他因反对迁徙富户计划而逃回老家，无意间触怒了朱元璋，被捆绑在粪桶上，这背离了他的洁癖习惯。这一举措显示出朱元璋的手段既残忍又无情。