少年时，朱耐根跟随祖父在北京生活，热爱京剧，从谭鑫培那里学到了真传。后来，他以票友的身份，在上海、杭州、汉口、常州等地免费表演，与王君直齐名，被称为“南朱北王”。著名票友陈小田在他的书《京剧音韵概论》中提到过谭派的明星之一，朱耐根就名列其中。苏少卿评价他声腔如同云遮月亮，“媲美小余”，其传唱技艺尤为精湛。

中年以后，朱耐根继续以票友身份居住在上海，那里的票友们尊称他为“耐二爷”，视他为票界的楷模。他擅长谭派唱腔，在扬州和常州教授学生。与他结拜的宝应票友包括佑申和郭季良，他们经常与之学习和切磋技艺，对他的教导怀有深刻敬意。宝应地区对京剧艺术产生了很大影响，这也归功于朱氏对他们的影响。而且，朱耐根夫人魏雅兰也是一个投入京剧艺术的人。

三张由高亭、高峰两公司制作的声音资料——《法场换子》、《梅龙镇》（合作演出）和《探母回令》（合作演出），至今仍是研究谭派声音艺术不可多得的珍贵资料。这三张唱片因为没有其他关于谭鑫培的声音资料，所以非常值得一听（这些唱片现在存放在上海图书馆）。