明初以应天府(今南京)为京师，明成祖朱棣在位时以顺天府(今北京)为京师。永乐十九年迁都，从此明朝根植于北方，除“南明王朝”外，大多皇帝在当时的北京寿终正寝。

开国皇帝明太祖朱元璋的陵寝-南京明孝陵规模宏大，建筑雄伟，形制参照唐宋两代的陵墓而有所增益。陵占地长达22.5公里，围墙内享殿巍峨，楼阁壮丽。咸丰三年孝陵地区成为太平军和清军对峙的重要战场，大部分木结构建筑毁坏。

建文帝朱允炆没有葬进十三陵，有说法是他逃往海外，有人认为他在某寺庙当了和尚，一直活到七八十岁才逝去。这一问题至今下落不明。

景泰帝朱祁玉葬在北京西郊的金山，他被立为监国后，因为也先多次用皇帝来威胁 明朝，所以立他为帝，以免了蒙古也先的勒索。在他的年号景泰期间，他患病，让大将石亨扶持太子主管朝政，但后来石亨想拥立英宗复辟成功，被杀于谦等人。景泰帝死后被封成王，但丢失了皇位，最终葬于金山，而不是安葬于十三陵中。

因此，只有13座陵墓的是因为开国皇帝、建文帝以及景泰后的特殊情况。而其他15位皇帝均葬于位于北京昌平北面天寿山，因而有今天的北京十三陵。