清朝军机处作为清朝的最高决策机构，在整个封建社会中扮演着至关重要的角色。从设立之初起，它就被赋予了处理国家大事、辅佐皇帝决策的职能。在历史长河中，军机处一直是中央权力体系中的一个关键组成部分。

然而，当我们回顾到清朝晚期，即从道光后期到维新变法期间，特别是在戊戌政变和辛亥革命之间，这个曾经强大的机构似乎开始出现了动摇和衰落的迹象。那么，在这一时期内，军机处是否真的发生了变革或是进入了衰败阶段？这是一个值得深入探讨的问题。

首先，我们需要了解的是在清朝末年的政治环境如何影响到了军机处。从道光皇帝后期开始，一系列外患如鸦片战争、太平天国运动以及东北边疆地区的不断侵扰，对于国内经济和社会产生了深远影响。这导致了一种紧张不安的情绪普遍存在于官僚阶层中，以及对传统制度的一种质疑态度逐渐形成。

此外，由于英法两国对中国实行门户开放政策，使得洋务运动兴起，这一改革运动要求政府必须引进西方科技以增强国力。这也促使一些开明官员提出了改革建议，但这些改革往往遭到了保守派势力的抵制。这样的内部矛盾，加上外部压力，使得原本稳固的大臣集团开始动摇不定。

接着，我们来看一下具体情况。在咸丰年间，由于多次战乱和人口流失，政府财政严重困顿，而帝国主义列强则乘虚而入，从而加剧了国内外交困局面。此时，虽然仍然有一些名声显赫的大臣如奕訢等人尝试推动洋务，但是他们自己的观点也受到极大的限制，因为他们都是出身自传统士族家庭，对西方文化及技术持有很高程度的排斥态度。

再者，以慈禧太后的登基为标志，她成为实际上的女皇，并且她与恭亲王奕訢等人的斗争进一步削弱了宫廷内正统势力的力量。而恭亲王本身就是一种反抗力量，他主张改革并且想要通过控制某些部门来实现他的目的。但这种状况下，大臣们对于既定的权威结构感到不安，他们更多地将精力放在维护个人利益上，而不是参与真正意义上的政治变革。

最后，不可忽视的是民众心理变化。一方面由于频繁战乱造成的人口流离失所，加之连续自然灾害，如饿死与疾病，也加速了一般百姓对于现存体制信心不足；另一方面，一小部分知识分子受到了西方思想尤其是民主共和思想的启发，他们希望通过更现代化的手段来改善社会状态，这又进一步挑战了旧体制底下的稳定性。

综上所述，在清朝末年确实存在着一定程度上的政治混乱和制度性的问题，同时也伴随着对传统体制的一种质疑或者说，是一种前所未有的转型需求。当时许多主要人物都试图寻找新的方法去解决国家危机，比如通过学习西方科学技术、甚至实施宪政改革，但最终这些尝试都因当时复杂多元化的地缘政治环境无法得到有效执行，最终导致这股“变革”浪潮迅速消散，只留下遗憾与遗产给后世研究者们分析探讨。