在康熙的治下，历史记载了他三大暴行，这些行为严重打击了他的仁君形象。首先，在平定三藩之乱时，清军对平民的屠杀和迫害令人震惊。例如，王骘上疏提到，他在督运军粮过程中经历了许多险阻，而四川云南地区也遭受了巨大的破坏。

其次，是沿海迁界政策。这一政策导致中国从世界上海岸线最长的国家变成了一个内陆国家。根据《南明史》的记载，当时人们被强制迁移，并且很多人死于路途。在这期间，房屋和树木都被焚毁，而水军战舰数千艘也同时被焚毁。

最后，还有朱方旦案件。虽然朱方旦并未犯下任何罪名，但因谈论传教信仰、信徒众多以及提出新奇见解而遭到指控。这事件显示出当时对于宗教自由和学术讨论的极端限制。

这些暴行不仅削弱了康熙作为仁君的地位，也揭示出了清朝统治者对社会控制欲望的一面。