然而，在洪武十八年（1385年），他的光环被黑暗所掩盖。当时，他利用职权，与其他官吏勾结，私吞太平、镇江等府的赋税。这场腐败案件，被后人称为“郭桓案”，成为明初四大案之一。

据史书记载，那些贪污官员不仅侵蚀了国家财政，还牵连到了全国各地的小富百姓，以至于数万人遭受抄家破产之苦。为了追赃粮，更是演变成全国骚动，使得民间富人莫不因此破产。

面对如此严重的情况，明太祖下令调查，并将六部左右侍郎以下皆处死，对牵涉案件的人员进行严厉打击。此举虽然震慑了一时间，但也让许多无辜者蒙受冤屈，让人们感叹：“古往今来，贪赃枉法大有人在，但是搞得这么过分的，不多！”

郭桓案和空印案坐死数万人的惨剧，也反映了明太祖对于肃贪有着过度重典的心态。在这之后，不少官员因而警戒恐惧，即使是在穷山绝塞之地，也会悚心震胆，如神明临其庭，不敢少肆。而对于肃政目标，大打折扣也是不可避免的事实。