朱元璋，亦称泥腿子皇帝，在南京稳固了江山后，以严苛手段管理官员，并建立了“锦衣卫”秘密部队。明史学者马渭源评价，这些初期的官员确实面临着严格的生活条件限制，对于违规行为，朱元璋从不手软。他实施了一系列酷刑，如剥皮、洗刷人肉、抽肠和阉割等。其中，最为惨烈的是对大画家倪瓒施行粪桶刑。

当时，只要达到一定级别，官员们才能享用标准住房。“朱元璋这样做，是为了让文武官员拥有适宜的居所和舒适环境，从而有利于他们认真工作，不致滥用职权。”马渭源指出。

住上了皇家的房子，拿到了皇家的赏赐，官员们自然更需负起责任。当时，由锦衣卫秘密监视每一位官员。在任上，每位高级官员都必须填写《授职到任须知》，相当于现代的工作日志，每项工作记录都得详细记载。

尽管朱元璋对官员们管得很严，但仍有腐败现象发生，对此，他毫不留情。他最残忍的手法之一是活剥人皮，将受害者的头先砍下来，然后再剥去皮层，再在皮内放入草料，使其像稻草人般竖立在衙门外，为继任者作警示。

锡蛇游也是一种极端酷刑，即将烧红的锡液倒入犯人的嘴中，一直倒满。宫刑同样存在于明朝，也曾被施加给过一些高级干部。在一次事件中，一名姓李的高级干部因贪污被开除回家，但他不得不将女儿卖出以维持生计。这件事引起朱元璋强烈愤怒，他便将李某抓捕并进行宫刑惩罚。

当然，也有一些无辜的人遭受了酷刑，其中包括著名的大画家倪瓒。据说，当时，有一项政策要求富户迁移到贫困地区，而倪瓒家族由于富裕，被迫搬迁至苏北。然而倪瓒坚决反对这种措施，便逃回了他的老家无锡。当这事迹传达给朱元璋后，他认为倪瓒抗拒中央政策，便想出了一个特别残忍的手段——把他捆在粪桶上待审判。此举简直太过分，因为它直接触犯了倪瓒极度洁癖的一点：他总是要求人们在使用粮食容器前铺上纸或丝绸，以防污染。但即使如此，这样的待遇依然显得非常残忍和冷血。