朱元璋，俗称“泥腿子皇帝”，在南京巩固了自己的统治地位。他采取了一系列措施来管理官员，并建立了所谓的“皇家秘密部队”——锦衣卫。明史学者马渭源指出，明初的官员职责繁重，其衣食住行都有严格规定，对于违法行为，朱元璋从不手软。在他的统治下，一些酷刑如剥皮、洗脑抽肠和阉割等广泛使用，最令人震惊的是对大画家倪瓒施加粪桶刑。

当时，只要达到一定级别，官员们就能享受标准宿舍。“朱元璋这样做是为了让文武官员住在合适的居所，有一个舒适的环境，以便他们能够专心工作，不会腐败。”马渭源解释道。

居住在皇帝指定的房子里，并领取皇家的俸禄后，官员们被要求认真履行职责。当时，锦衣卫负责监视这些高级官员。每位新任命的官员都会收到一份《授职到任须知》，相当于现代人工日记，每个官员都必须记录其工作内容。

尽管朱元璋对待他的臣子极为严格，但仍然有一些贪污腐败的情况发生，对此，他毫不留情。最残忍的一种处罚是活剥人皮，将头砍下来，然后剥去皮肉，再将其填满草料，使之成为稻草人状立于衙门旁边，以警示继任者前任者的下场。

另一种极端酷刑是锡蛇游，让犯人吞下沸腾的锡液直至填满口腔内。一种宫刑早已存在，而在明朝也有人遭遇宫刑。有一个姓李的人因贪污而被开除并遣回，但由于无力生存，他竟然将女儿卖出。得知这一情况后，朱元璋愤怒至极，将这名李姓人物逮捕并施以宫刑。

当然，也有无辜之士遭受惩罚，其中包括伟大的艺术家倪瓒。据说朱元璋曾经实施了一项政策，即迁徙江南富户到苏北或凤阳等贫困地区移民倪瓒家庭因为富裕，被迫搬迁至苏北。但倪瓒认为这种做法不公正，便逃回了老家无锡。不久，这一切传到了朱元璋耳中，他误以为倪瓒反抗，就想出了一个惩罚他的事先安排：用粪桶捆绑着他，因为倪瓒素有洁癖习惯，在使用厕所时总是要求人们铺上纸张或丝绸以防溅射。但就是这样的方式，被捆绑在粪桶上的痛苦体验，是对这个清廉之士最为残忍的一击。