朱元璋，史称“泥腿子皇帝”，在南京巩固了自己的统治地位。他采取了一系列措施来管理官员，并建立了所谓的“皇家秘密部队”——锦衣卫。明史学者马渭源指出，明初的官员职责繁重，其衣食住行都有严格规定，对于违法行为，朱元璋从不手软。在他的统治下，一些酷刑如剥皮、洗脑抽肠等被广泛使用。

其中，最为人诟病的是对大画家倪瓒的处罚，他被施以粪桶刑。除了这些极端措施之外，当时只要官员达到一定级别，他们就能享受标准化住房和相应待遇。马渭源解释，这是为了让文武官员能够有一个舒适的环境，以便专心工作，不会贪污腐败。

为了确保这一点，锦衣卫会秘密监视官员，每个上任的官员都会收到一份《授职到任须知》，相当于现代的工作日记本，每天都要记录工作情况。此外，对于违法行为，无论如何也不能宽恕。

最为残忍的一种惩罚是在活剥人皮之后，将其头砍下来，再用草填充，然后竖立起来作为警示。这一做法常常被用来警告后继者前任贪污行为的严重后果。此外，还有一种名为锡蛇游的小罪刑，在犯人的嘴里倒入烧红的锡液直至满溢。

宫刑也是当时常见的一种惩罚，即割去男子生殖器。在某些案例中，即使无辜的人也可能受到这种惩罚，如李某因贪污而遭阉割，而大画家倪瓒则因为反对迁徙政策而遭捆绑在粪桶上的痛苦处置。

尽管如此，有时候即使是无辜的人也不免受到这样的待遇。在处理倪瓒事件时，朱元璋显然考虑到了他的洁癖习惯，但最终还是决定将他放在粪桶上，这样的做法无疑显示出了他对反抗者的强硬态度。