在南京的江山稳固后，朱元璋即刻展开了一系列严格的治理措施，以确保官员们不敢有半点贪污腐败之心。明朝史学家马渭源曾经赞叹：“朱元璋对待官员的手腕之严厉，无人能及。”他施行了各种各样的酷刑来震慑那些企图作恶的人。其中最为残忍的一种是剥皮刑，将犯人的头部砍下，然后用刀从脖子开始逐渐剥去皮肤直至整个身体，最后将其悬挂于衙门前示众，让新任官员见面时深刻认识到过去任职者的惨淡结局。

此外，还有一种名为“锡蛇游”的酷刑，即将烧红的锡液倒入犯人的口中直至填满其喉咙，这种折磨方式极其痛苦和残忍。在宫刑方面，虽然早已存在，但在明朝也依然常见，有一次，一位名叫李某的官员因贪污被开除回家，他无奈之下竟然将自己的女儿卖出以谋生计，被朱元璋知道后，不仅开除了他的职务，还施加了宫刑作为惩罚。

然而，并非所有受罚者都是有罪之人，其中就包括著名的大画家倪瓒。据说倪瓒因为反对朱元璋的一项政策而逃往无锡老家，被朱元璋认为是不合作分子，便想出了一个特别的惩罚方式——将倪瓒捆绑在粪桶上，因为倪瓒平日里如厕总是要求先铺一层纸或丝绸以防溅水，而这次却让他直接与粪便相处，这等于是给予了他一个无法接受、且又羞辱性的处罚。这一切都显示出朱元璋对于维护自身权威和清除潜在威胁的手段绝不手软。他还实施了一项迁徙政策，将富户从江南迁往贫困地区，如凤阳，使得社会阶层发生变化，同时也试图通过这样的举措来巩固自己的统治基础。