朱元璋，俗称“泥腿子皇帝”，在南京巩固了自己的统治地位。他采取了一系列措施来管理官员，并建立了所谓的“皇家秘密部队”——锦衣卫。明史学者马渭源指出，明初的官员职责重任，他们的生活条件被严格规范，而对于违规行为，朱元璋绝不宽容。在那个时代，有许多残酷的刑罚，如剥皮、洗脑、抽肠等。

最惨遭迫害的是大画家倪瓒，他因反对朱元璋的一项政策而受到粪桶刑。据说，当时只要达到一定级别，官员们就能享受标准住房。而且，每个上任的官员都会收到《授职到任须知》，类似现代工作日记本，对他们工作进行记录。

尽管朱元璋对官员极其严格，但仍有贪腐现象发生。当发现此类问题时，他毫不手软。其中，最为人诟病的是活剥人皮这种惨无人道的手段。犯人的头先被砍下，然后将皮肤剥离，再在皮肤中填满草料，让其像稻草人般站立于衙门前，以此警示后来的官员。

锡蛇游是一种极端酷烈的处罚，将烧热的锡液倒入犯人的口中直至满盈。此外，还有宫刑这种古老而残忍的手段，即阉割。在明朝，也有几名高级官员遭受宫刑，其中一名姓李的人，被开除并因贫困卖掉女儿，这让朱元璋愤怒至极，从而对他实施了宫刑。

然而，此举也牵连到了无辜之士，如著名的大画家倪瓒。据说，由于倪瓒富裕家庭被迁移至苏北，他逃回了原籍，无锡。不久，朱元璋得知这一情况，便想出一种特别残忍的手段作为惩罚：将倪瓒捆绑在粪桶上。这是因为倪瓒养成的一个习惯，在使用厕所时总会要求有人铺纸或丝绸以防溅污，但这次却不得不面对自己最讨厌的地方。

通过这些措施和手段，朱元璋试图维持政权稳定，同时震慑那些可能背叛他的臣子。不过，这些做法也引发了一些争议，因为它们既体现了当时社会控制与打压机制，又暴露了当权者的恐怖与专横形象。