清末新政由于改革政策的“支离、拖沓”和一些官员的“敷衍”，没有取得太大进展，同时也带来了一系列消极影响。
增加人民负担
为了实行新政，清政府必须想方设法筹集经费，增加了人民的负担，使中国劳苦大众生活较之同光中兴时期有所贫困化，社会矛盾无由不尖锐更甚。为了筹款，清政府不得不向下摊派，这是清末新政经费的最主要来源。为了筹饷，清政府不辞广设名目，以多方索获。如光绪二十九年（1903年）12月24日清政府发布的两个上谕，就向各省派款每年达960万两。
从光绪二十八年（1902年）起，在通商口岸征收印花税，在湖广征收房捐、铺捐；直隶袁世凯拟“每户售酒百斤，抽捐制钱一千六百文，并准其于常价之外，每斤增加十六文发售”；光绪二十九年（1903年）在吉林征收烧窑捐、车辆捐；在其他地方征收牛捐、马捐、盐商捐、绅富捐，还有户口税、丁税等。
清政府向下派款，而这些款项，各地方政府又通过提高部分商品物价从劳动人民身上索获。如此外又出现了许多新名目的税捐，如粮捐、房捐、新捐、学捐、铺捐、膏捐、统捐、摊捐等等。同时，复提税率，有由户部决定在全国公开加收的，也有由各地任意增加税率的，并允许地方官自筹税收。施行若此，“无由不使税紊贪横，未免于‘广大劳动人民’（实是某些无心专业的闲散人）造成了‘前所未有’的灾难”。对古的捐税导致“（人民）不堪其扰，相率逃避。近城（指库伦）各旗，为之一空”。
袁世凯集团崛起
以袁世凯为代表的北洋军阀的崛起，是清末新政的又一苦果。众所周知，袁世凯是靠在天津小站练兵起家的，又系靠于山东任巡抚时的灵活应变及义和团运动发迹的。在新政期间，于光绪二十八年（1902年）清政府又令袁世凯训练京旗陆军，到光绪三十二年（1906年）末，北洋六镇的军队都抓在了他的手中。因此，在清末，袁世凯声名显赫，并可以左右朝政。这也使得清朝的覆亡有了它自身内部的原因，新政培育出了足以摧毁他自己的毒瘤。
加深列强侵略
清末新政时，某些经济政策的公布，客观上也为列强输出资本创造了方便条件。19世纪末20世纪初，是近代中国社会经济发展变化的一个重大转折时期：列强对华经济侵略加速扩张，民族危机空前深重，西方列强的侵略方式也由原来的商品输出为主转为资本输出为主，近代中国的半殖民地半封建社会经济形态最后形成并进一步深化。商品输出，顾名思义，就是西方列强向中国倾销工业品和掠夺原料，这些商品包括鸦片、西方列强本国的手工工厂所生产的产品，或者在通商口岸开设工厂（很少），利用中国廉价劳动力和原料，剥削中国人民。
商品输出较资本输出时间早，在1840年至1895年《马关条约》签订年间里，绝大部分都是商品输出。其本质是控制殖民地的市场。资本输出是用过剩资本向其他国家投资，例如在中国投资开办工厂，或利用雄厚的资本取得在中国的铁路权、开矿权等等。或用过剩资本作为。其本质是通过资本控制殖民地的经济命脉（危机更加加深和严重）。
在西方列强看来，与其等着一味守旧的清政府最终被所推翻，不如督促清政府实行改革以消弥，这样才能维持中国地区局面的稳定和平，进而能够保证其在华利益长期存在。因此，《辛丑条约》签订之前和之后，列强多次向清政府提出改革的建议。从这一点上讲，清政府最后力行新政，在一定程度上含有迎合列强的因素。
清末新政后，民族经济的发展需要大量的资金，张謇是清末提倡实业救国论的代表人物，他提出过“棉铁主义”、发展外资等具体发展实业的措施。棉铁主义指以棉纺织业、钢铁业带动民族工业的发展，形成民族工业体系。他还主张以合资、借款、等形式，利用外国资本解决发展民族工业所需要的资金问题。但是列强也不欲中国蓦然走资而顿失既得，正是英、德、法、美等国以借款为诱饵，力争清政府将铁路收归国有，激化了清政府与民族资产阶级之间的矛盾。
强化国家机器
清末新政时，练新军、办警政，强化了的国家机器，有利于清政府对派反抗斗争的。因为在清末，清朝旧式军队早已失去战斗力，而所编练的新军，战斗力有了明显的提高，再加上各地办起的，加强了对派反抗斗争的侦缉和，这也是清末新政的一个恶果。
催生边疆问题
清末新政时期清政府开始改变原有的边疆地区治理模式，开放“蒙禁”，在青藏地区“改土归流”；同时将内地汉幅移民边疆地区；由于“新政”操之过急、措施不当，产生一系列问题。
一向享受清廷优遇的蒙旗王公贵族，不仅不能得到财政上的支持，而且还要另纳“报效银”，这就使蒙古地区财政状况陷于恶性循环之中，在蒙古增加的贡捐和新捐输，诸如烟、牛、草、车捐以及国民捐。仅库伦一地以商民每年向清廷交纳的“包捐”银高达两万四千两。
清政府还通过发行国债即“昭信股票”来筹措资金，如土谢图汗、车臣汗两盟封建王公，哲布尊丹巴等上层等，被“劝办昭信股票”，向清廷交纳报效银20万两，其中哲布尊丹巴一人报效银就6万两，各盟旗都有诸如此类的报效银两。虽然，他们可以从牧民身上搜刮来获得一定的补偿，但这使他们本已窘迫的财政更见襟肘产生危机；同时也使蒙古牧民的生计雪上加霜，这种恶性循环，也加剧了蒙古民族的离心力。
张荫棠和联豫在推行新政的筹划实施中所谓“收回政权”，以汉官代替藏官治藏，这是当时地方噶厦所无法接受的。在英军逼近拉萨的情况下不得已出走库伦，清政府却听驻藏大臣有泰的一面之词，革除了的名号，严重伤害了人民的民族感情和宗教感情，进一步加深了清朝中央政府与地方政府之间的裂痕。
过分强调“使通祖国语言文字”，而无视藏民族语言文字的教育。他们所说的“兴办教育”，实际上只是汉文汉语的教育。张荫棠印行《训俗浅言》和《藏俗改良》，极力宣扬“君臣有义”、“夫妇有别”以及“智、仁、勇、孝、悌、忠、信、礼、义、廉耻、合群”等孔孟纲常伦理，又对藏民族的习俗风尚横加指责，企图以儒家封建伦理取代藏民族的伦理习俗。这种文化自大心理以及以“开启民智”为名试图民族同化的政策在一定程度上损害了僧俗的民族自尊心，加深了。