王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。

过去关于明史的叙述，大多数都包含“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家赋税过重，而是在于法律和政府效能不足。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到极点，而他写作《万历十五年》的目的，也在于强调这一观点。

明朝万历年间的重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们每个人都有各自的特点，努力做出改革，但最终失败，大部分人还遭受了革职或入狱等惩罚。一群文官为了维护整个集团的利益，使得国家武备、科技创新和商业发展都陷入停滞。文官集团的统治对于这个国家来说，无疑是一场不幸开始，加之文官与宦官集团之间权力斗争，更是导致大明王朝走向衰败。

历史上，万历十五年的确是个平凡的一年，只不过，在这个平凡的一年里，有若干个容易被忽视的小事发生，这些小事看似不起眼，却实际上是前面大事件症结所在，也预示着将要引发更大的波澜。在这些事件之间因果关系，是历史的一个关键。这本书通过对几个关键人物的描述，看到了这个即将崩溃帝国悲剧命运，历史最终让这些帝王将相所遗忘。

虽然黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻批评了以道德代替法律——道德非全能，不可取代技术，更不可取代法律。他认为，明朝特征就在于“依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国各个方面，无论从强度还是广度而言，都达到了空前的程度。”

从那一刻起，即1587年的某一天，一种差距开始显现：西方正在崛起，而东方正在衰落。