在1645年6月，清军攻陷了南京，而同年，李自成的命运也随着九宫山上的悲剧而终结。经过一年内战的激烈较量，南明和大顺都遭到了挫折，而满清则稳固了其江山统治。李万刚认为，这些局面变化与史可法未能及时调控诸将、失去机遇联清灭李有关联。在后世的记载中，史可法虽然未能完成千秋之业，却以忠烈著称，这可能是对他的溢美之词。

当时史可法担任督师江北期间，正值李自成和清军之间进行决战的时候，此乃明朝重建、收复失地的大好机会。但是，他却上书朝廷，以“虏既能杀贼，即为我复仇”的理由，不但没有利用这个机会来抗击外敌，还主张宥过前辜，并借助强兵力歼灭内部敌人。这一策略不仅错失了抗击清军的良机，也被后世批评为错误判断。

然而，当时的情况更为复杂。史可法所面临的是两个强敌，一方是即将崛起的农民起义军领导者李自成，一方是已经崛起并开始侵扰边疆的满清政权。而这两个势力此刻正处于互相牵制之中，“寇”（指李自成）被迫逃离北京至陕西，“虏”（指满清）则因内忧外患暂时无法全力以赴对付南明小朝廷。不过，就如古话所说：“鹬蚌相争，渔人得利”，这恰恰是一个明朝能够从中获利甚至重建其版图的大好时代，但弱小的小朝廷难以同时两面作战，只有坚定方向才能决定胜败。

作为南明兵部尚书和首席军事人物的史可法，却做出了一个致命错误。他选择先解决国内问题，即使如此，他仍旧把视线放在了北方农民起义领导者的身上，而忽视或轻视来自外界威胁——即那些不断蚕食边疆、日益增长实力的满族政权。不仅如此，他还幻想着与这些外族力量合作抵御内部威胁，这种战略上的误判无疑加速了自己国家衰败过程中的步伐。