1875年5月3日，清政府任命左宗棠以钦差大臣督办新疆军务。19世纪60年代，中亚浩罕汗官阿古柏侵入我新疆，建立起军事殖民统治，英俄争相利用阿古柏政权作为自己肢解中国领土的工具，甚至在70年代初悍然出兵占领伊犁；同时美日对的侵略战争也相继发生

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。到70年代中期，中国西北边疆与东南海防顿形紧张，边疆危机严重。清政府内部在“海防”和“塞防”问题上却出现了不同意见。李鸿章借口海防、塞防力难兼顾，公然主张放弃新疆，“移西饷以助海防”。认为“新疆不复，于肢体之元气无伤；海疆不防，则心腹之大患愈棘”。

李鸿章反对出兵收复新疆，其原因一是左宗棠了陕甘回民起义，在统治集团中声望日高，淮系军阀要借此压抑他；二是李鸿章正筹备兴办北洋海军，要用海军来巩固淮系军阀也就是他自己的地位；同时，这也合于英国反对清军西征，以免它的走狗阿古柏复灭的企图。

湖南巡抚王文韶等认为，沙俄威胁最大，主张“塞防”为主，以全力注重西北。左崇棠则认为海防、塞防两者并重，不可偏废。抨击李的主张是“自撤藩篱”。他强调“重新疆者，所以保蒙古，保蒙古者，所以卫京师”。

左宗棠过太平天国运动和西北回民起义。但在民族危机日益加深的形势下，挺身而出，能以“边荒艰巨为己任”，不仅说明他着眼全局，目光远大，而且具有平叛乱和反侵略的双重意义，因而得到国内爱国的支持。

清廷权衡利弊，采纳了左宗棠的主张。3日任命他督办新疆军务，出兵西征，收复新疆。