王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得一提的事件。然而，它恰恰是一个中国封建王朝发展过程中的重要时期。

过去关于明史的叙述几乎都强调了“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律和政府效率低下。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况，在明代达到了极点。而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，也在于证明这一观点。

在明朝万历年间，那些重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，他们每个人都有自己的特点，都试图进行改革，但最终失败，大多数人甚至遭遇革职或入狱这样的下场。一群文官为了维护整个集团的平衡，使得国家的武备、科技进步和商业发展都陷入停滞。文官集团对这个国家来说，无疑是一场不幸的开始，文官与宦官集团之间权力的斗争更是使大明王朝迅速衰败。

历史上，万历十五年的确是一个平凡的一年，只是在这个时间里，有一些历史学家容易忽略的小事，却实际上是导致前事后果并存的大事件，是将来会引起巨大波澜的机遇。在《万历十五年》中，通过描述几个关键人物，我们看到了那个正在崩溃的帝国悲惨命运。最后，这些帝王将相所创造的一切，最终被时间抹去了。

虽然黄仁宇在《万历十五年》中已经批评得很透彻——道德非萬能，不可以代替技术，更不可代替法律。他认为，明朝之所以特殊，就是依赖意识形态作为统治工具；意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都超过了以往。这意味着从那时候开始，中国和西方之间差距就越来越大！西方正在崛起，而东方则逐渐沉沦！