政治腐败与中央集权的衰弱

元朝自立国以来，历经忽必烈至大都时期，政治体系逐渐走向僵化。中央集权虽然在早期为元朝带来了统一和强大的军事力量，但随着时间的推移，这种制度也导致了官僚机构的臃肿和腐败。官员之间相互倾轧、贪污舞弊成为常态，而决策过程中缺乏透明度和民主性，使得国家机制失去了应对外部挑战的能力。

军事疲惫与边疆防御问题

元朝初期通过征服蒙古四个汗国建立起庞大的军队体系，但长期战争使得军力逐渐疲惫。同时，由于内忧外患，边疆防御的问题日益凸显。在北方，与鞑靼、女真等民族不断发生冲突；南方，则面临汉族地区反抗及其他少数民族叛乱。而且，由于地理位置广阔且腹地辽阔，对远征政策依赖过度，导致资源分散无法有效整合。

经济困顿与货币改革失败

元代经济发展遇到了诸多挑战。首先是农业生产增长放缓，其次是商业活动受限，如丝绸之路受到阻碍。此外，元政府实施的一系列货币改革如铜钱废除并转而使用纸币，也引发了民众对货币价值的不信任，加剧了物价上涨和通货膨胀。这一切共同作用下，无疑加速了经济危机的形成。

社会矛盾激化与文化同化问题

随着元朝政权对周边地区进行兼并统治，不断有新的社会阶层出现，他们往往拥有不同的文化背景和生活方式，与原有的蒙古贵族文化存在冲突。这造成了一种文化同化的问题，即新加入的人群需要适应或融入现有的政治结构，而这种过程往往伴随着压迫、排斥甚至暴力，这些社会矛盾最终影响到整个帝国稳定性的核心。

自然灾害与疾病流行

元代末年频繁发生自然灾害，如洪水、旱灾等这些天灾连续几十年不绝，都给农业生产带来严重打击，同时也间接影响到人民生活水平和国家财政收入。而此时疫病流行也是一个重要因素，比如黑死病等传染病在当时普遍爆发，对人口数量产生重大影响，这些自然因素无疑进一步削弱了元朝最后抵抗力的根基。