少年时，朱耐根跟随祖父在北京生活，热爱京剧，不仅得到了谭鑫培的真传，还曾以票友身份在上海、杭州、汉口、常州等地免费表演，与另一位票友王君直齐名，有“南朱北王”之称。他的声腔艺术甚至被提及在陈小田的《京剧音韵概论》中，并被誉为谭派名人。

后来，朱耐根以票友身份定居上海，他在当地成了知名人物，被尊称为“耐二爷”，并成为票界的宗师。他精通谭派唱腔，在扬州和常州都有传授技艺的经历。与他结拜的宝应票友，如居佑申和郭季良，都对他的教导深感感激，这也影响了宝应地区对京剧艺术的兴趣增加。朱耐根夫人魏雅兰也是一个票友。

他的唱片作品由高亭和百代两家公司灌制，其中包括《法场换子》、《梅龙镇》（与夫人合作）和《探母回令》（与陈小田合作）。由于这些唱片是唯一一套记录下谭鑫培未能录制的声音资料，因此对于研究谭派声腔艺术来说，是非常珍贵的资源（现存于上海图书馆）。