王小波曾经评价这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，这一年里发生了许多决定性的事情，但也可能感觉平淡无奇，没有任何值得谈论的地方。然而，它恰恰是中国封建王朝发展的一个重要时期。

过去关于明史的叙述几乎都包含了“税重民穷”的说法，但黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家的赋税过重，而在于法律和政府的低效率。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到了极点，而他写作《万历十五年》的目的，也在于强调这一观点。

明朝万历年间的一位重臣张居正、戚继光、申时行、海瑞等人，无一例外地以悲剧收场。即使是万历自己，在这种文官集团体制之下，只能采取一种被动的统治方式。由此可以看出，由于强大的体制惯性所带来的悲哀。这群文官每个人都有其独特之处，闪耀着光芒，他们尝试进行改革，但最终失败，大部分人还遭遇革职或入狱这样的命运。一群文官为了维护整个集团的平衡，让国家的武备、科技革新和商业发展陷入停滞状态。而文官与宦官之间权力的斗争更是让大明王朝走向衰败。

历史上，万历十五年的确是一种平常见证，只不过这一年里，有若干个容易被忽视的小事件发生，这些事件虽然看似不起眼，却实际上却揭示了前面大事发生的大背景，以及将来引发巨大波澜的情节。在这些事件之间因果关系形成了历史的一个重点。而通过对几个关键人物描述，《万历十五年》展现了这个没落王朝悲剧性的命运，最终证明这些帝王将相们无法挽回命运。

尽管对于中国以道德代替法律的问题，黄仁宇已经在《万历十五年》中提出了批评——道德并非无能，不仅不能取代技术，更不可替代法律。他认为，明朝特征之一是在于依赖意识形态作为统治手段；意识形态渗透到帝国各个方面，无论从强度还是广度来说，都达到空前的程度。

从那时开始，即萬歷十五年的那一刻起，对中国而言，与西方帝国之间差距越来越显著！西方帝国正在崛起，而东方帝国则开始走向衰退！