秦始皇统一六国后，为了加强中央集权，他开始对社会进行严格的控制。公元前213年，秦始皇在咸阳宫为儒生大宴。在酒宴上，众多儒生围绕是否实行分封制发生激烈争论。王绾等人主张实行分封，而李斯等人则支持郡县制，并指责淳于越等“不师今而学古”、“道古以害今”。最后秦始皇支持李斯的观点，采用了李斯提出的“焚书”建议，将除《诗》、《书》和医药、卜筮、农书外的大量典籍焚毁，并禁止谈及《诗》、《书》和“以古非今”，违者定当严惩乃至判死罪。

秦始皇寻求长生不老，对方士尤其感兴趣。他派遣徐福、侯生、卢生等人去东海寻找仙药，但他们并未成功。据说，因为没有找到仙药，这些方士逃离了朝廷，使得秦始皇非常恼怒，因此下令审查咸阳城内所有方士，最终导致460余名被认为与逃跑有关的人物被杀。

关于“坑儒”的问题，有些学者认为实际上是“坑方士”。他们指出史书记载中的具体人物都是神仙学派的方士，而不是儒家成员。此外，被杀者的罪名是诽谤，不是因为信仰或传播儒家学说。而且，《史记·秦始皇本纪》记载的是民间私藏之百家语被焚，不是针对儒家的。

还有争议是在坑儒的问题上，有些材料记载秦始皇至少坑了两次 儒，一次是在咸阳公开坑杀460余人，一次是在骊山温谷秘密活埋700余人。但这种说法并不普遍接受，因为这两次事件差异太大，而且第二次事件的记载来源较少。不过，也有人认同骊山坑儒的事实，只不过由于手段秘密，当时知情者甚少。