随着清朝的衰落与西方列强的入侵，中国传统学术体系也面临前所未有的挑战。科举制度作为封建社会选拔官员的主要方式，在当时已经显得过时而无力回应国家的需要。

首先，从历史发展上看，科举制度自唐代兴起以来，就一直是中国古代政治文化生活中的重要组成部分。它不仅是一种人才选拔机制，也是儒家思想在封建社会中的一种实践。在明清两代，这一制度更加完善，但也出现了一些问题，如重视考技轻视考德、八股文之风盛行等，都对人才培养产生了负面影响。

其次，由于科举考试严格要求学习经典，对新知识、新思想难以接受，这使得科技、自然科学以及其他现代化领域的人才无法通过正规途径进入政界。这对于一个急需变革和适应外来技术进步的国家来说，是一种极大的损失。

此外，由于科举考试往往受到权贵家族控制，他们通过财力或者关系操纵儿女出仕，而真正有才能的人才难以得到机会。这导致了官僚队伍腐败分子居多，国库空虚民生凋敝的问题日益严重。

最后，不断增长的税赋压力加剧了农民阶级的地位恶化，使他们不能抽身参加乡试或会试，因此许多有才能的人只能选择逃避征召或者直接放弃参与科举竞争。

面对这些问题，晚期清政府开始进行一些改革尝试。例如，将《四书五经》以外的一些书籍纳入科目范围，以增加考生的广度；推行“开阖式”教育政策，让更多人获得受教育机会；还有一些地方性的措施如废除八股文等。但这些改革都没有根本改变原有的体制，并且由于内部矛盾和外部压力，最终并未能取得预期效果。

综上所述，在清朝末年，尽管存在一些针对性较强的批评与改革，但由于深层次的问题根源尚未触及，大规模变革依然遥不可及。而随着时间推移，当时传统学术体系逐渐被西方科学精神所取代，最终成为中国近现代史上的一个转折点之一。