在西元4世纪，罗马皇帝君士坦丁为纪念耶稣门徒圣伯多禄的殉道，在罗马城西北角建造了君士坦丁大教堂。15至16世纪，该建筑被改造成今日的圣伯多禄大殿，成为了天主教会举行重大仪式的地方。公元756年，法兰克王国国王丕平将罗马及其周围区域赠予教宗，这标志着“丕平献土”，后来形成了半世俗政体型态的“教宗国”，涵盖意大利半岛中部的大部分地区。

19世纪，欧洲民族主义兴起，意大利统一运动导致教宗国领土缩小。萨丁尼亚王国成为意大利统一运动的领导者，并最终成立了意大利王国。在普法战争爆发后，由于拿破仑三世调走其军队，对抗法国而来的意大利军队顺利占领罗马城，使得意大利的统一完成，而教宗退居梵蒂冈宫中。

1929年2月11日，墨索里尼首相与庇护十一世签订《拉特兰条约》，承认梵蒂冈为主权国家，其领土位于梵蒂冈城，为中立国家，不受侵犯。此条约解决了圣座与意大利政府间长期纠纷。在第二次世界大战期间，梵蒂冈保持中立，以庇护十二世为教宗。

2009年1月1日，梵蒂冈宣布不再自动采纳 意大利议会通过法律，因为这些法律过于繁杂且与天主教义相冲突。梵蒂冈城国旗由两个竖长方形组成，上面有两把交叉的钥匙和一个三重冠徽记，其中黄白色代表金银金属，与圣彼得钥匙相关联；红色则象征曾经是天主堂中的显眼颜色。而国家徽章则是保禄六世时期所用皇徽，上有三重冠和交叉金银钥匙，是对神权象征性的展现，同时包含《马太福音》中的话：“我要把天国内之钥给你。”