秦始皇统一六国后，为了加强中央集权，他开始了精神上的控制。公元前213年，秦始皇在咸阳宫为儒生大排酒宴，在宴会上，众多儒生围绕是否实行分封制发生激烈的争论。最后秦始皇支持李斯的观点，并采用李斯的“焚书”建议，下令除《诗》、《书》、百家语之外，凡列国史籍、私人所藏的儒家作品诸子百家著作和其他典籍统统焚毁。

秦始皇称帝以后，他力求长生不老，并派侯生、卢生等人寻求仙药。在此期间，他对待方士十分慷慨，但当他们未能如愿时，他们逃走了，这使得秦始皇非常恼怒，最终他下令对所有在咸阳城中的方士进行审查讯问，欲查出侯生、卢生的去向。结果被捕的人数达到了460余人，被活埋于山谷中。

关于“坑儒”的问题，有些学者认为，“坑儒”实际上是指“坑方士”，因为被杀者的主体应是方士，而非儒生。此外，还有学者认为，“坑儒”只有一次，即公元前212年的那一次，而另一些材料记载秦始皇至少坑了两次 儒。这一说法得到了部分人的认同，但由于资料有限且存在争议，因此至今仍然是一个历史谜题。