随着迁都的进行，大批鲜卑人源源不断地涌入内地，北魏政府又面临着许多新问题：鲜卑人的习俗是编发左衽，男子穿袴褶，女子衣夹领小袖，多数人不会说汉语，这些都不符合中原的习俗；且新迁之民初来洛阳，居无一椽之室，食无担石之储，不擅农业，人心恋旧。如不及时解决这些问题，将会严重地阻碍各民族之间的交往和经济文化的发展，不利于北魏政权的巩固。

在王肃、李冲、李彪、高闾等汉族士人的支持下，迁洛之后，孝文帝立即着手改革鲜卑旧俗，全面推行汉化。

皇族反叛

然而，事隔不到半年，一场反对改革、反对汉化的武装叛乱便从朝廷内部发生了。八月，孝文帝巡幸嵩岳，太子元恂留守金墉城。元恂素不好学，体又肥大，最怕洛阳的炎热天气，每每追乐旧都，常思北归；又不愿说汉语、穿汉服，对所赐汉族衣冠尽皆撕毁，仍旧解发为编发左衽，顽固保持鲜卑旧俗。

中庶子高道悦多次苦言相劝，他不但毫无悔改之意，反而怀恨在心。孝文帝出巡给了他可乘之机，遂与左右合谋，秘密选取宫中御马三千匹，阴谋出奔平城，并亲手杀死高道悦于宫禁之中。

事发后，领军元俨派兵严密防遏各宫门，阻止了事态的发展。第二天清晨，尚书陆琇驰马奏报，孝文帝闻讯大惊，中途急急折返洛阳，当即引见元恂，怒不可遏，列举其罪，亲加杖责，又令咸阳王禧等人代替自己打了元恂一百多杖，直打得皮开肉绽，才拖出门外，囚禁于城西别馆。

一个多月后，元恂伤势有所好转，方能起床行走。十月，孝文帝在清徽堂引见群臣，议废太子恂。太子的两个老师太傅穆亮、少傅李冲一齐脱帽叩头请罪，孝文帝说：“你们请罪是出于私情，我所议论的是国事。‘大义灭亲’，古人所贵。今日元恂想违父叛逃，跨据恒、朔二州，犯了天下的头条大罪！这个小子今日不除掉，乃是国家大祸，待我百年之后，恐怕又要发生晋末的永嘉之乱。”

十二月，废元恂为庶人，囚禁于河阳无鼻城，派兵看守，给些布衣粗食，不至饥寒而已。次年四月，孝文帝巡幸长安，御史中尉李彪秘密上表，告发元恂又与左右谋反。孝文帝得报，急派咸阳王禧与中书侍郎邢峦率人带着毒酒赶赴河阳，逼令元恂自尽，时年十五岁，敛以粗棺常服，就地埋葬。

南伐萧齐

洛阳位居河南，距离南齐较近，需要北魏时常南下以保证南部的安全。太和二十一年（497）六月，孝文帝一行渡渭水入黄河，东还洛阳。返京后的第三天，即下令征发冀、定、瀛、相、济五州兵卒二十万，准备再次大举南伐。太和二十三年（499）孝文帝南伐时病死。