南北榜案是源于一次科举考试，因此可以说它的间接原因来自于科举考试制度，而直接原因则来自于一次偶然的考试成绩，在明朝的历史文献中有很多关于南北榜案这件事的记载，然而关于记载事情发生的原因却很少，只有二本书的记载谈到了事情发生的原因，一本是在《明实录·太祖高皇帝实录卷之二百五十三》中的记载直接说出了这件事情的原因。

书中是这样记载的：“六月辛巳朔，上御奉天殿，策试下第举人。先是，礼部会试者多，而中式者少，被黜落者咸以为言。”另一本是《明史卷一百三十七·列传第二十五》里，这本书关于事情的起因是这样说的。书中说：“三十年偕纪善白信蹈等主考会试。榜发，泰和宋琮第一，北士无预者。”通过这两本书的记载我们可以看出南北榜案的原因只是一个非常偶然的现象，它的导火所只是一次意外的考试成绩，但就是这次以外的考试成绩的结果酿成了这次南北榜案的悲剧。

也许有人会想到会不会是主考官的主观心理导致了南北榜案的发生，参看《明史》，关于主考官刘三吾的性格记载是这样的，记载中说“：三吾为人慷慨，不设城府，自号坦坦翁。至临大节，屹乎不可夺。”通过这短短的两句话我们可以看出刘三吾是一个正直的人，并不会出现偏袒谁的情况。因此，我们可以认定刘三吾本人的人品不是南北榜案这件事发生的起因。可以这样说，南北榜案的发生和刘三吾本人没有任何关系。

在中国的封建社会里，大权永远是掌握在皇帝手中的。尤其是到了明清两代，这种现象更是到了登峰造极的程度，因而考察一下当时的皇帝朱元璋的态度是大有必要的。在《二十五别史·明书》中关于朱元璋的态度记载是这样的。书中记载：“上疑考官刘三吾、白信蹈有私，指为胡、蓝馀党，逮拷讯。”

通过这句话我们可以看出朱元璋这个人是一个疑心很重的人，他把考官刘三吾同当年的胡、蓝二人相联系。众所周知，胡、蓝两人都是朱元璋开国的重臣，朱元璋为了加强自己的统治，巩固皇权，而把二人杀害。朱元璋把刘三吾同胡、蓝两人做对比，正是他个人疑心重重的真实写照。因而可以说，南北榜案的发生和朱元璋本人的心疑性格是密不可分的。

通过对正史书籍的考究和对当事人的简单分析，我们可以得出南北榜案的发生即有偶然的成分，又有必然的成分。主要有这样几个原因：

第一，五代十国以后，中国的经济逐渐向南发展，到明朝时南方的经济已经基本上全面超过北方，而且南方的文化也的确要比北方发达，尤其是东南沿海一带更是突出。所以，就出现了这次南方人全部录取而北方人却全部落榜，这种纯属巧合的情况了。

第二，朱元璋的统治措施也间接造成了南北榜案的情况，众所周知，朱元璋统治时期发生了，而南北榜案则是朱元璋文化的继续，加上作为统治者的朱元璋为了寻求南北平衡的要求，因此，对于一开始出现的南方人全部录取这种情况多少会有些主观上的不满。

第三，朱元璋是一个疑心比较重的人，从他当皇帝起就杀掉不少有功之臣来加强自己的集权统治，因此，当录取的都是南方人的时候，他不免会对考试官有所怀疑，怕那些人培养自己的势力。综上所述，南北榜案的发生有它的偶然原因，同时也有它的必然原因。只是它的偶然因素占据了很大的部分，因为自开科举考试以来还没有出现这种怪事，南北榜案的发生的确有些离奇，不过这件事情发生后还是对明朝的科举制有了一个不小的改变，这就是从这以后明朝开始了南北分开取士的先例。