伏羲是上古创世神，历史上未必确有其人，那么他又是如何进入历史，被列入上古帝王世系，并被推为“三皇之首”、“百王之先”呢？这就要从伏羲与太昊的并称和太昊的身份论起。
在先秦可靠的典籍中，言太昊则不言伏羲，言伏羲则不言太昊，太昊与伏羲并无任何瓜葛。荀子当生于战国之末，他在《正论篇》中提及“太昊”，在《成相篇》中又言“伏羲”，两名共见一书，自非一人。
太昊，古籍中或记为“太皞”，是上古东夷部族的祖先和首领。东夷是上古在中原可堪与华夏抗衡的部族，它与华夏的交往十分频繁，并创造了灿烂的殷商文化。对此，学界已无疑义。东夷部族世居之地在今河南东部及山东、安徽一带。《左传·昭公十七年》载：“陈，太皞之虚也。”陈地在今河南淮阳，淮阳今存太昊墓。周代以后，其后裔属地渐次东移，《左传·僖公二十一年》：“任、宿、须句、颛顼，风姓也。实司太皞与有济之祀，以服事诸夏。”
直到春秋战国时期，东夷各支才逐渐被鲁、齐、越等国吞并，融入华夏。《后汉书·东夷列传》：“秦并六国，其淮、泗夷皆散为民户。”也就是说，这时东夷各支已不再以独立的实体存在，成了华夏族的“编户”，与华夏融为一体，成为中华民族的主要组成部分。随着华、夷的交融和合，东夷的祖先和首领太昊、少昊等也纳入到华夏的古帝序列中。
在可靠的史籍中，最早将太昊与伏羲并称为一体的，乃是西汉末年刘歆的《世经》。刘歆与其父刘向俱为西汉学者，古文经学派的开创者。《世经》存录于《汉书·律历志下》。在《世经》中，刘歆从西汉末年的需要出发，突破传统的以黄帝为历代帝王之首的体系，以伏羲与太昊并称，炎帝与神农并称，列于黄帝之上，建立了一套新的上古帝王世系。
上古帝王世系的建立，始于战国。战国时阴阳家邹衍按照五行说以五帝配五方，以土、木、金、火、水五行相胜之序来解说王朝更替，此之谓“五德终始说”。《史记·历书》：“是时独有邹衍，明于五德之传，而散消息之分，以显诸侯。”自此以后，人们都以这种学说作为王朝建立的合法依据。按照邹衍的“五德终始说”，《吕氏春秋·应同》和《史记·封禅书》都如此推演王朝更替：黄帝得土德，夏禹得木德，商汤得金德，周文王得火德，秦得水德。
但是这个推演顺序到了汉代出现了问题：一是从邹衍所构建的古史帝王世系看，所叙述的只有黄帝、夏禹、商汤和周朝四代。而其后直到西汉，人们的古史观念已发生了很大改变，认为在黄帝之上还有伏羲氏、神农氏和炎帝等古圣帝王，三代以前“三皇”、“五帝”依次代立，《吕氏春秋·应同》和《史记·封禅书》只叙述黄帝以来的四代，未能全部涵盖，因而需向上推演，重新排序。
二是邹衍是按照土、木、金、火、水五行相克相胜之序来解说王朝更替、排列帝王世系的，五行相克相胜，则在政权更替上倾向于。而刘歆所处的西汉末年，刘汉皇室政权危机，外戚王莽势力强大，因而有“异姓受命”和同姓“更受命”的争议，禅让说一时兴盛。刘歆与王莽关系至密，任王莽“国师”，是禅让说的主要支持者。为了给王莽代汉提供合法依据，刘歆提出以木、火、土、金、水五行相生的新五德终始说。
从《世经》可知，刘歆排列的帝王世系如下：太昊伏羲氏为木德，炎帝神农氏为火德，黄帝轩辕氏为土德，少昊金天氏为金德，颛顼高阳氏为水德；帝喾高辛氏为木德，帝尧陶唐氏为火德，帝舜有虞氏为土德，伯禹夏后氏为金德，成汤为水德；周武王为木德，汉朝为火德。刘歆在排定这个世系次序时，是先否定汉兴之初依五行相胜说所定汉为土德的说法，确定汉为火德，那么代之者应为土德，王莽自称为虞舜苗裔，帝舜土德，故王莽宜为土德，这样王莽代汉而立成为必然。
那么刘歆为什么要将伏羲与太昊并称呢？
刘歆根据当时人们的古史观念，将古帝的代序从黄帝向上推，认为最古的帝王应是伏羲。同时按照他的五行相生的五德终始理论，帝王应从木德始。于是他从两个方面找到依据，一是《左传·昭公十七年》载“郯子来朝”，昭子问少皞氏鸟名官，何故？郯子曰：“吾祖也，我知之。昔者黄帝氏以云纪，故为云师而云名。炎帝氏以火纪，故为火师而火名。共工氏以水纪，故为水师而水名。大皞氏以龙纪，故为龙师而龙名。我高祖少皞挚之立也，凤鸟适至，故纪于鸟，为鸟师而鸟名。”刘歆据此而推：“言郯子据少昊受黄帝，黄帝受炎帝，炎帝受共工，共工受太昊，故先言黄帝，上及太昊。”
以太昊为古帝之首。二是从《易传》中找到依据，《易传》曰：“帝出乎震”，震为东方之卦，五行属木。按五行相生之序，首为木，且太昊为东方之帝，“东方曰夷”，故太昊配木德。又《易·系辞下》有言：“古者包牺氏之王天下也”，所以刘歆接着说：“炮牺氏继天而王，为百王先，首德始于木，故为帝太昊。”伏羲就是太昊。“稽之于《易》，炮牺、神农、黄帝相继之世可知。”太昊伏羲氏继天而立，神农、黄帝皆继太昊伏羲而立。
东汉班固的《汉书·郊祀志赞》和荀悦的《汉纪·高祖纪》对刘歆创立五行相生的新五德终始说的过程均有记述，荀悦言：“及至刘向父子，乃推五行之运，以子承母，始自伏羲；以迄于汉，宜为火德。其序之也，以为《易》称‘帝出乎震’，故太昊始乎震，为木德，号曰伏羲氏。”
刘歆从其目的出发，将伏羲与太昊相附而并称，推之于古代帝王世系之首，其后班固引之于《汉书》，后世史籍相继采从此说。但是，刘歆此说并非是完全无据的妄说，今天来看，对刘歆的说法应有如下认识：首先，它是当时人们历史意识的表现，随着人们历史意识的丰富，司马迁从黄帝开始排定帝王世系已不足以反映当时人们所认识的上古帝王，因而需要再向上推溯，重新安排上古帝王世系。
其次，如上所述，伏羲传说本始于南方楚地，而太昊是东方夷族的先祖，随着战国、秦汉时民族血脉和文化大交流融汇，伏羲与太昊的传说合流成为可能，司马迁仅以华夏先祖黄帝为全体中华民族的人文始祖已不能完全反映当时民族和合、文化融汇的实际情况，而以太昊伏羲为百王之祖，表现了当时民族统一、文化主脉已经形成。其三，刘歆排定的古帝王世系宣扬了“圣王同祖”的思想，将先王古帝同纳于伏羲一系，有利于民族凝聚，文化一统。