在1645年6月，清军攻陷了南京。同一年，李自成的命运在九宫山走到了尽头。一年的激烈较量后，南明和大顺双方都落得输家，而满清则稳固了自己的江山。李万刚认为，这一切与史可法那时候联手清军灭掉李自成的举动有关联，那时史可法没有能够有效地调控那些野心勃勃的将领们。这位英雄虽未能完成千秋大业，但却以忠诚著称，他的一生被后人溢美为传奇。当时，史可法负责督师江北，他眼看着李自成和清军正相互扯皮，同时这是一个巨大的机遇，可以帮助明朝收复失地。但是，史可法竟然向朝廷提出了一份奏章，在奏章中他说：“如果敌人（指清军）能够消灭这些强盗，那就是对我们有利的仇恨。如果他们来到河边，我们可以派遣官员去迎接他们。如果敌人有助于我们的行动，而我们反而拒绝，那么敌人的意图就会转变为要攻击我们。而且，如果我们不采取行动，就会错过这个机会。”他请求朝廷命令兵部召集廷臣商讨如何应对这一局面，并迅速准备文武人员前往或直接通报给多尔衮或者其他九个酋长，并且要求银币和必要的人员等待通知。

然而历史证明他的看法不过是空谈。在那个时候，他面临的是两个敌人：一是“寇”，即李自成；二是“虏”，即清军。尽管这两个敌人才开始展开激烈争夺，“寇”已经被“虍”赶出了北京逃往陕西，而清军主力也暂时被牵制住，不得不先处理南明小朝廷的问题。古话说鹬蚌相争，渔翁得利，这正是在这个关键时刻，是明朝从中获益甚至重建大好时机，但是由于力量弱小的小朝廷无法两面作战，更需要把握好方向。不过作为南明兵部尚书、首席将领的史可法，却做出了错误的决定，将注意力放在了北方的“寇军”上，对外族“虍”的威胁置之不理，即使幻想着能与外族联合抵抗内部威胁，这种战略上的失误无疑是致命的。