内阁的职责是：“钧国政、赞诏命、厘宪典、议大礼”，“赞理机务、表率百寮”。具体说，凡下达的诏命，由它拟进与宣布。清初内阁与明朝内阁比起来，权力更加微不足道。
崇德元年（1636年），皇太极改文馆为内三院，职掌记注皇上起居、诏令，收藏御制文字，只要是皇帝用兵、行政事宜，编纂史书，撰拟郊天告庙祝文及升殿宣读庆贺表文，纂修历代祖宗实录，撰拟矿志文，编纂一切机密文移及各官章奏；掌记官员升降文册，撰拟功臣母妻诰命印文，追赠诸贝勒册文。
内三院实际上只是皇帝的机要秘书班子兼顾问集团，并不具有政府的职能，当时也没有建立起类似明朝内阁那样的票拟制度。在入关以前，内三院并不具有较高地位。
清定都北京后，任职内院的大学士们开始承担一些票拟事务，内三院从而具有了部分政府职能，这在客观上加速了清廷从统治东北一隅的地方政权到治理全国的中央政府的转变。
然而，当时内三院所票拟的大多是无关痛痒的“官民奏闻之事”，对朝廷“用人行政”却无发言权，这就不能不使部分推崇明制的汉族大学士感到失望，故而大学士冯铨、洪承畴对清廷权力分配发出不满之辞。
顺治十五年（1658年），清廷正式改内三院为内阁，使其成为名副其实的政府机构。然而，即使如此，清初内阁仍然不能和明朝，尤其是晚明内阁相提并论。
康熙帝亲政以后，重新将内三院改为内阁，内阁负责处理日常政务的职能进一步明确下来，随之而来，内阁权力有所加强，因而出现了明珠、徐元文、李光地等在朝中有一定影响的大学士。
然而，明珠等人绝不可能危及皇帝的绝对权威。具有明确权力意志的康熙皇帝始终坚持将政务大权牢牢控制在自己手中，康熙帝称：“今天下大小事务皆朕一人亲理，无可旁贷。若将要务分任于人则断不可行”。
各房分工
典籍厅
典籍厅是内阁的秘书部门，学士10人（满6人，汉4人）、典籍6人（满、汉、汉军各2人），供事22人。此外侍读学士、侍读、中书等兼在典籍厅办事者，由大学士派委，无定员。其办事之所，分南、北两厅。
南厅职掌有四：
（一）掌关防。内阁无印，对外行文，用典籍厅关防。
（二）收发及办理文稿。各衙门来文，直送两厅，再按事务性质分送各房。
（三）官员考绩事务。负责对侍读、典籍、中书等官的考绩。
（四）管理“吏役”事务。考取助理事务的“供事”及管辖皂役等事。
北厅职掌也有四项：
（一）掌奏章。拟办陈事请旨之奏本及进贺表等。
（二）办理大典事务。即关于大典礼的筹备应办事项。
（三）用宝洗宝。请用国家宝玺及岁终封宝日洗宝事务。
（四）收藏红本图籍，并收贮表章等。
满本房
有侍读学士2人，侍读4人，中书39人，贴写中书24人，供事3人，共72人（均为满员）。满本房掌校阅题本的满文部分，管理内阁大库及皇史宬的收藏事务。如收贮实录、圣训、起居注、史书、方略及经略将军的印信等物。收发和每日向皇帝进呈实录，增修王公世爵谱册以及缮写各项满洲文字。主要职责有五项：
（一）校阅满文题本。各省题本由汉本房照黄贴翻译成满文后，交满本房中书缮写，侍读学士、侍读等详细校阅后，交汉票签处拟草签。
（二）掌实录库及皇史宬之收藏。实录库所藏实录、圣训、起居注、史书等以及皇史宬所藏实录、圣训、本纪、方略、玉碟与经略将军印信等。
（三）收发进呈实录。各朝实录，每日按卷进呈皇帝御览，于满、汉、蒙古三房中书轮派二人进呈，满本房管收发之事。
（四）增修世爵谱册。存宫内的王公世爵皇册有应该增注的，由各关系衙门咨明内阁，派员会同领出，交满本房中书增注后，仍送宫内收存。
（五）缮写各项满文。
汉本房
又名汉本堂，有侍读学士4人（满、汉各2人），侍读5人（满3人，汉2人）、中书42人（满31人，汉军8人，汉3人），贴写中书16人（都是满员），供事3人。其职掌为收发通本，翻写贴黄及各项应翻为满文之文书，如上谕、碑文、册宝、祝版应译为满文者均属之。故又有翻译房之称。
蒙古房
又称蒙古堂，有侍读学士2人，侍读2人，中书16人，贴写中书16人（以上均蒙员）。掌翻译蒙、回、藏等各种文字以及外国来文。凡遇有各藩部陈奏事件及表文，皆译出具奏。凡颂扬各藩部诰敕、碑文、匾额以及奉旨特交事件，俱由蒙古房译出缮写。并管理蒙古实录，圣训。凡外国文字，如照会，即召翰林院俄罗斯馆官员至房翻译。西方各国来照，即召西洋馆官员翻译。
满票签处
有侍读3人（满员），中书22人（满20人，蒙古2人），贴写中书8人（满员）、供事4人，此外尚有委署侍读（满员）若干人。满票签处掌校阅满文本章并撰缮满文票签，皇帝出巡时，发递本报。京内外官员的奏折，经皇帝批阅，应交在京各衙门知道或办理的，由军机处交满票签处，传知各衙门钞回办理。
汉票签处
有侍读2人，中书27人（以上均汉员），供事4人。此外有委署侍读若干人。汉票签处掌校阅汉文本章，撰缮汉文票签；撰拟御制文字，如制、诏、诰、敕、册文、祝文、封号等。
诰敕房
康熙十年（公元1671年）始设诰敕房，隶汉本房兼管。专司校勘和收发诰敕。凡汉票签处撰拟诰敕，由诰敕房审核，缮定正本，用宝颁发。封赠诰敕，按定式刊刻存储，凡用时交中书科填写，经诰敕房校阅颁发。
稽察房
雍正五年（公元1727年），令各部院衙门将每日事件已结、未结情由声明送内阁，于月底汇齐奏报，这时始设稽察房。其职官由大学士于满、汉侍读、中书内派委，无定员。
额设供事4人，凡交部议复事件，按日记档，俟各部院移会到时，逐一核对，分别已结、未结，每月汇奏一次，叫“月折”。每日军机处发出满、汉文谕旨，由满票签处移至稽察房存储，至月底，缮写满汉文合璧奏折汇奏，称为“汇奏谕旨”。
收发红本处
又称红本处、收本房。康熙、雍正、乾隆三朝《会典》均未见记载。《嘉庆会典》始有此名称。约成立于乾嘉年间。司员由大学士于满、汉中书内派委，无定员。凡批过的题本，交由收发红本处每日发给六科传钞，年终缴回汇集，贮入红本库。
饭银库
又称饭银处，其司员由大学士于满洲侍读、典籍、中书内派委，无定员。专掌收支内阁司员饭银。这种饭银由各省总督、巡抚及布政使咨送。分配办法是：大学士每日银三钱，以下官员递减，至中书每日银六分，以充飧食费用。
副本库
约成立于乾嘉年间，《嘉庆会典》始有此名。其司员由大学士于满、汉中书内派委，无定员，掌收题本之副本。乾隆以前，每到年终收藏副本，都派汉票签处的中书送存皇史宬厢房，年久贮满，无地存收，才另设副本库。
批本处
乾隆以前称“红本房”，设于宫廷之内。其司员有满洲翰林院官1人（于翰林各职事内选用），中书7人，掌进本之收发与批本事务。每日进本，由满票签处中书送交批本处，由批本处送内奏事处进呈，待发下以后，批本处照皇帝阅定满文签，用红笔批于本面，再交满票签处中书带回内阁，遇有改签及“折本”，皆存记档案，按日交发办理。