蒙古衙门
努尔哈赤去世前，漠南蒙古科尔沁、扎莱特、特尔波特、郭尔罗斯四部已经归顺，但是由于当时还存在察哈尔和林丹汗的力量，漠南蒙古诸多努尔哈赤设置专管蒙古行政机构条件还不成熟。从以科尔沁为首的蒙古诸部落归顺后金至天聪五年（1631年），后金一直未设立管理其他民族的统治机构。天聪五年（1631年）六月，皇太极设立吏、户、礼、兵、刑、工六部，各部中均设蒙古承政一员，负责处理有关蒙古的事务。至崇德元年（1636年），漠南蒙古归顺清朝，其管理事物也越来越多。
此时，各部的承政已经远不能满足管理蒙古事务的需要，于是，于“崇德元年，设蒙古衙门，置承政、参政各官。”“以尼堪和塔布囊达雅齐为承政，令置若干参政”，负责蒙古各部的编旗、会盟、赏赐、司法等事务。至此，理藩院的前身蒙古衙门正式创立。“蒙古衙门初设时，有承政三四员，其余皆为参政，官止二等”。
蒙古衙门的创立不仅使清朝有了管辖蒙古事务的专门机关，其作为理藩院的前身也对日后理藩院的发展和壮大有着重大意义。正如《清史稿》所述“理藩一职，历古未有专官，唯周官大行人差近之。秦汉以降，略存规制。遐荒绝漠，统治王官，为有清创制。”崇德三年（1638年）更名理藩院。可见，理藩院开创了专管少数民族机构的先河。
职能完善
顺治元年（1644年），改置理藩院尚书、侍郎；顺治十六年（1659年），定以礼部尚书兼掌院事，侍郎衔协理院事。顺治十八年（1661年），定官制同六部，理藩院尚书亦入议政之列，班居工部之后。顺治十八年（1661年）正月，康熙帝即位后，清朝统治者认为：理藩院专管外藩事务，责任重大，“今作礼部所属，于旧制未合。嗣后不必兼礼部衔，仍称理藩院尚书、侍郎，其印文亦著改正铸给”。同年八月设立理藩院四司，即录勋司、宾客司、柔远司、理刑司。
九日，又以康熙帝名义晓谕吏部：“理藩院职司外藩王、贝勒公主等事及礼仪刑名各项，责任重大，非明朝可比，凡官制体统应与六部相同，理藩院尚书照六部尚书，入议政之列。该衙门向无郎中，今著照六部，设郎中官”。吏部于是议定：“理藩院”应增设各司郎十一员，员外郎共二十一员”，“理藩院尚书衔名列于工部之后”。
康熙四十年（1701年），理藩院柔远司划分为柔远前司和柔远后司。理藩院在雍正年间曾酌量增加一些办事人员。雍正帝即位初曾以廉亲王胤禩为理藩院尚书，又命裕亲王保泰办理理藩院事务，此即“以王公大学士兼理院事”。雍正七年（1730年）十一月，根据雍正帝“八旗游牧地方，甚属紧要”的谕示，理藩院又设置了巡按游牧御史。雍正十年（1732年），又复设满洲笔帖式十七人，蒙古笔帖式十四人，分隶各司。
乾隆二十二年（1757年），理藩院组织机构趋于完善，改录勋司为典属司，宾客司为王会司，柔远后司为旗籍司，柔远前司仍为柔远司。清政府平定霍集占兄弟叛乱后，乾隆二十六年（1761年），乾隆帝又谕示军机大臣：“理藩院专管蒙古事务，尚可兼办回部。著将理藩院五司内派出一司，专办回部事务”。
于是，理藩院司属机构再行调整，并旗籍、柔远为一司增设徕远司专管回部事务。乾隆二十七年（1762年）闰五月，鉴于原徕远、旗籍“两司所办事件各有不同，若责成不专，恐办理日久，不免桝错弊”，旗籍、柔远仍分为两司。乾隆二十九年（1764年），因旗籍司、典属司“就其执掌、按之司名，究亦未符”，便再次改典属司为旗籍司，其旧旗籍司仍为典属司。至此，理藩院共设旗籍、王会、典属、柔远、徕远、理刑等六司及其他单位。此组织形态，迄清末法制改革为止未有改变。
康乾时期是清朝统一多民族国家历史发展中风云激荡的年代。这一时期，清王朝中央政权加强了和蒙古、新疆、等少数民族居住地区的联系，各民族之间的的交往日益密切。同时，噶尔丹、阿睦尔撒纳、大小和卓相继反清或叛清。理藩院作为清王朝管理少数民族地区事务的中央机构，在康乾时期，正是在处理错综复杂的民族事务中，在解决清中央政权和少数民族的关系中逐渐发展和日益完善的。所以，康乾时期理藩院组织机构的发展变化，和清王朝统一多民族国家的巩固发展息息相关。日益完善的理藩院机构，又促进了清朝统一多民族国家的巩固和发展。
后期发展
嘉庆（1796年—1820年）时期直至宣统三年（1911年）辛亥爆发，理藩院人事和建制经历了频繁变革。嘉庆四年（1799年）裁掉满洲郎中、员外郎各一人。嘉庆七年（1802年）木兰围场隶热河都统。道光十四年（1834年）添设印务处贴写笔帖式二人，学习笔帖式四人。
晚清理藩院的另一大变化，表现在丧失了对的外交职能。在咸丰八年（1858年）《天津条约》签订后，清廷便丧失了对俄的外交职能。《天津条约》规定“嗣后两国不必由萨纳特衙门及理藩院行文，由总理各国事务大臣，或径行大清之军机大臣，或特派之大学士，往来照会”。从此，照会专送清朝军机处，不再通过理藩院。此时理藩院处理对俄事务的职能已大为削弱，但还未丧失殆尽。
理藩院对交涉职能的全部丧失，是在清朝政府成立“总理衙门”之后。《北京条约》签订后，西方列强希望清廷能设立一个专门负责外交事务的中央机构，英国使馆秘书威妥玛就曾表示清朝“如能设立专办外国事处地方，则数十年求之不得”。当时清政府正处于内忧外患的穷迫中，内有太平天国起义，外有列强瓜分，而当时慈禧等认为攘外必先安内，于是决定向列强妥协，于咸丰十一年（1861年）设立了总理衙门。总理衙门统办清朝对外通商和交涉问题，其内部组织中的股负责与的陆路通商、边防疆界、礼宾庆典诸事。总理衙门的设置，也标志着理藩院外交职能的全部丧失。
光绪三十二年（1906年）9月1日，光绪帝发布上谕宣布预备立宪以挽救风雨飘渺的清王朝。谕中认为，要改变“政令积久相仍，日处陆险，优患迫切”的局面，惟有“仿行宪政”，而“廓清积弊，明定责成，必从官制入手。”不久，光绪帝奉慈禧懿旨，再次发布上谕，宣布正式厘订中央新官制，“理藩院著改为理藩部。
”光绪三十三年（1907年），清廷提出了理藩部组织机构的调整计划，欲将满档房、汉档房、俸档房、督催所等合并，改为领办处；蒙古学扩充为藩言馆，以培养精通蒙语的人才；司务厅、当月处、银库、饭银处、印务处均“一仍旧制”，采取原来的制度。光绪三十四年（1908年）因蒙古来觐见王公多年不居住内外馆，内外馆监两职被裁撤。宣统三年（1911年），清政府内阁官制改组，成立责任内阁，理藩部与部一样，尚书改称大臣，侍郎改称副大臣。
理藩院改为理藩部，是“清末新政”中“改革官制”的一个环节。表面看来是实施新政，实则清廷在内忧外患中的一项无奈之举。改定官制后的理藩部和之前的理藩院实质上并未有所区别。原理藩院旗籍、典属、王会、柔远、徕远、理刑六司的职掌也并未变化，其改变只不过是把理藩院的“院”字改成了“部”字。光绪末年理藩院组织机构的变化，是清政府对抗人动、延缓清王朝的政权寿命而采取的众多措施中的一环。显然，这种变化在性质上和清代前期的历次变化是不同的，也并未取得任何积极效果。
撤销过程
辛亥爆发后，清朝覆灭，理藩部机构也随之瓦解。元年（1912年）清帝退位后，理藩部改为蒙藏院，由内蒙古郡王贡桑诺尔布任总裁。
三年（1914年），袁世凯废除《中华临时约法》，颁布了《中华约法》，蒙藏事务局也随之改为蒙藏院。十六年（1927年），国民政府成立于南京，正式组成五院制国民政府。在最高行政机关行政院下，设蒙藏委员会，代替从前的蒙藏院，掌管蒙古、行政及其他各项事务。从此，理藩院也退出了历史舞台。