理藩院是清朝政府统治蒙古、回部及等少数民族的最高权力机构。洋务运动前也负责处理对俄罗斯的外交事务。理藩院初掌蒙古事，随着清廷全国政权的建立，更为总管蒙古、、新疆等各少数民族地区事务的中央机构。清统治者通过理藩院实施对各少数民族地区的统治，加强与他们的联系。康熙年间，修定《理藩院则例》，用法规固定了对少数民族地区统治的各项措施。以后又四次校修。
理藩院六司分掌爵禄、朝贡、定界、官制、兵刑、户口、耕牧、赋税、驿站、贸易、宗教等政令。理藩院所辖，先后设有内馆、外馆、蒙古学、唐古特学、托忒（卫拉特）学、俄罗斯学，木兰围场、印务处，则例馆等机构。此外还派司员，笔帖式等常驻少数民族地方，处理特定事务，定期轮换。光绪三十二年（1906年），理藩院更名为理藩部，辛亥后北洋政府改为蒙藏院。
设置背景
金蒙关系
天命元年（1616年），后金势力迅速扩张，与明形成对峙。努尔哈赤认为，刚刚崛起的后金要与大明抗衡，就必须与邻近的漠南蒙古联盟。努尔哈赤利用漠南蒙古内部的弱点，采取了恩威并施的方针。对漠南蒙古的东部科尔沁和内喀尔喀等部落联合争取，凡率部归顺的一律从优款待，给以官职，并采取联姻的政策，试图把漠南蒙古纳入后金的管辖范围。天命十年（1625年），察哈尔部林丹汗发兵进攻科尔沁蒙古，努尔哈赤派兵前往救援，解救了危机。此后，蒙古科尔沁等部便脱离察哈尔汗管辖，主动归顺后金，成为努尔哈赤的属臣。
皇太极上台后，为吸引更多蒙古部落前来归顺，巧妙利用蒙古各部落反抗察哈尔的契机，采用斗争和军事打击的双重手段，进一步孤立察哈尔汗，使后金与蒙古各部落缘由的简单联盟，最终演变成、军事的全面同盟。清太宗就说过：“臣于诸国，慑之以兵，怀之以德，四境敌国，归附甚众…乃着，素未输城，今已称弟纳贡；喀尔喀五部举国来归；喀尔沁、土默特以及阿录诸部落，无不臣服。察哈尔兄弟，其先归者半，后察哈尔携其余众，避我西奔，未至汤古忒部落，殂于西喇卫古尔部落打草滩地，其执政大臣率所属尽来归附。今为敌者，惟有明国耳。”
后金收服蒙古后，蒙古对清朝的入主中原也有提供了巨大帮助。清太祖努尔哈赤曾说过：“满洲、蒙古，语言虽异，而衣食起居，无不相同，兄弟之国也”。可见，他一直都把蒙古当做自己对抗明朝的有力盟友。在努尔哈赤去世前，漠南蒙古的科尔沁、扎莱特、杜尔伯特、郭尔罗斯四部已先后和后金站在一起共同抗明。到顺治初年，清与漠南蒙古诸部的关系发展的非常快。赏赐、联姻频频实行，进一步密切了与漠南蒙古之间的关系，赢得了漠南蒙古的大力支持。
正如魏源所说：“世祖当草创初，冲龄践乍，中外帖然，繄蒙古外戚扈戴之力”。在清朝统一全国后，蒙古也一直与清朝保持着良好的臣属关系，并以蒙古作为其驻守北部边疆的藩障。康熙帝说：“帝王治天下，自有本原，不专恃险阻。秦筑长城以来，汉、唐、宋亦常修理，其实岂无边患？明末，我太祖统大兵长驱直入，诸路瓦解，皆莫敢当。可见，守国之道，惟在修德安民，民心悦则邦本得，而边境自固，所谓众志成城”“柔远能迩之道，汉人全不理会。本朝不设边防，以蒙古部落为之屏藩耳。”
康熙帝说：“朕阅经史，塞古多与中国抗衡，自汗。唐、宋、明，历代俱被其害，而克宣威蒙古，并令归心如我朝者，未之有也”。由此可见，后金与蒙古既是臣属，又互为重要战略合作伙伴，长期保持着良好关系，这点为理藩院的诞生提供了大的历史环境。
直接原因
崛起于东北的满族首领努尔哈赤，起兵反明后，实力渐增，天命四年（1619年）萨尔浒之战，努尔哈赤大败明军。努尔哈赤扬言：“不要幻想汉人政权是永久的，我是暂时的”，“南京、北京、汴京本非一人所居之地，乃女真、汉人轮流居住之地”，反映了他入主中原的愿望。皇太极即位后，欲得中原的心情更为迫切。满洲首领把进攻明朝、夺取中央政权定位基本政策，对明朝构成了巨大威胁。
当时，除了中原地区的农民军外，明朝、满洲首领和漠南蒙古形成了鼎足之势。在明政府和满洲首领之间，漠南蒙古地理位置很重要，是缓冲地带。漠南蒙古的向背，直接影响明朝政府和满洲首领力量的消长。满洲首领为了消除进取中原的后顾之忧，决心争取和控制漠南蒙古。皇太极曾说：“取燕京如伐大树，须先从两旁斫削，则大树自仆”。
清代理藩院的设置的目的，正是为满足满洲首领为“砍倒”明朝这颗大树，以便进取中原而采取的战略措施，也是满洲首领为进取中原而与漠南蒙古关系发展的必然趋势。从一定意义上来说，理藩院就是为满洲首领为了更好得控制和管理蒙古所设，目的是为了更快地进取中原。