理藩院是清朝政府统治蒙古、回部及等少数民族的最高权力机构。清统治者通过理藩院实施对各少数民族地区的统治，加强与他们的联系。
行政职能
管理会盟
清朝蒙古地区存在着许多“盟”和“旗”，他们既是政权组织，又是军事组合和社会组织。每旗设札萨克（旗长）等官员管理，一旗或数旗合为一盟，设盟长和副盟长。这就是盟旗制度，盟旗制度是满洲贵族创建的八旗制度的形式，充实以蒙古族缘由的社会制度具体内容的产物。清政府通过理藩院管辖各盟旗。盟旗制度下的盟指的是会盟制度。
清政府规定，一旗或多旗合为一盟，在指定地点会盟。每盟设盟长一人，办理会盟事务。盟长由本盟内札萨克中选人，上报理藩院，由理藩院任命人选，颁给印信。会盟的主要内容为“理清刑名，编审丁籍”，会盟的礼节十分隆重，届时清政府要派大臣带随行官员前往。
漠南蒙古各盟，盟长各于所属三年一会。雍正六年（1728年），漠南蒙古每盟增设副盟长一人，协同盟长办事。喀尔喀蒙古（漠北蒙古），从雍正三年（1725年）开始，清政府不再派大臣参加，而由西宁办事大臣负责把会盟情况转报理藩院查核，“如各盟长有违例不公事件，一经告发，或别经参奏，由院再行奏请特派大臣前往办理”。清朝以理藩院管理蒙古族各部的盟旗，目的是加强对蒙古族各部的统治，在客观上有利于蒙古族社会的稳定，从而维护中央政府的统治。
稽查户丁
稽查户丁是理藩院为掌管地区人口和满足兵源的一项行政职能。按照《理藩院则例》之规定，蒙古地区十八至六十岁皆应登记入册。每隔三年一次稽查，先由理藩院请旨，发给各旗空白造册，再由各旗首领其将三年内裁添人丁数目详细登记载入，内报理藩院。
在编审比丁时，隐瞒户口之事常有发生，故《理藩院则例》规定，内外札萨克各旗审丁时，数目开载不全，后虽声明，仍照隐丁例办理。隐瞒比丁分别惩罚。如有隐瞒人丁情况发生，不仅要扣管旗之亲王、郡王、贝勒、贝子、公、札萨克台吉、塔布囊三个月俸禄，还要将被隐瞒的人丁记录在案。不慎漏计人丁的，对漏记人及相关者都要处以罚畜的惩罚，并且奖励举报人。
征收税款
理藩院还具有征收税款职能。边疆少数民族地区的税款征收原本是由地方官办理的，但由于地方官征收的标准和数量难以统一，乾隆帝决定把征税职权收归中央，由理藩院派专员前往征税。乾隆十七年（1752年）准奏：“八沟东西二街税银，于乾隆十四年（1749年）奏准交地方官征收。东街所征各项税银，每年赏给喀喇沁札萨克王等，养赡穷乏蒙古。
今该札萨克呈报东西二街税银，该地方官征收多寡不一，请将赏给东街税银，仍照旧例交该旗自行征收。其事难行。惟是各处收税，均设专官经理，今八沟初定收税章程，交地方官永远办理，二街税银，难免参差，蒙古人心，亦不能遵服。应将地方官征收之处停止，于本院司官内简选干员，拟定正陪引见，前往征税，所收税银，于十分内赏给该旗三分，以为养赡蒙古之用。”
卡伦和驿站管理
清代蒙古各部曾设置许多卡伦和台站。在领导体制方面，在中央机构中，主要由理藩院进行管理，具体地说，理藩院旗籍掌考漠南蒙古地区，典属负责漠北、漠西蒙古地区、满档房负责派往管理驿站的官员；同时，亦以兵部协助理藩院负责监督检查。因区域不同，清代蒙古台站可分为漠南蒙古、漠西蒙古和漠北蒙古三部分，他们是在清朝多民族国家发展的不同时期逐渐形成的。
康熙中期，为迅速平定噶尔丹内乱，更具转运物资和传递军报的需要，清政府在漠南蒙古地区开始大规模设置官方固定驿站。康熙三十一年（1692年），康熙帝谕示：为“不致迟延误事”，“设立驿站”。康熙三十一年（1692年）三月，由理藩院尚书班迪等前往漠南蒙古亲自筹划。
军事职能
理藩院大臣早在顺治时期就已经参政议政，康乾时期更是参与军事行动的策划工作。参与多伦会盟、平定准噶尔叛乱等一系列国家军政大事的筹划工作。在雍正年间，理藩院侍郎佛保被授为内阁学士。乾隆时理藩院尚书纳延泰先为军机大臣，继则又兼议政大臣；理藩院尚书索林、侍郎庆桂或任库伦办事大臣，或为伊犁参赞大臣。
理藩院对各盟旗下的军用物资定期进行简约管理，乾隆四十年（1775年）议定：“内札萨克六盟各旗兵丁军装器械，每三年一次，该盟长等会集点检有无残缺，及兵丁驼马数目，造具细册，声明报院核查办理。”对于军器的买卖，也不得私下进行，都要报理藩院并由理藩院开具出口信票后才能进行交易。康熙二年（1663年）题准：“蒙古人买军器带往者，令札萨克王、贝勒、贝子、公等，详开某佐领下某人、买何器械、数目若干，具文差官报院。不差官不详开者，不准给出口信票。”“蒙古王、贝勒、贝子、公等，欲向归化城买马驼者，报院转奏请旨，本院给印文令往，不得擅刑。”
司法职能
司法职能是理藩院的又一重大职能，据记载：“臣院综理内古、回部事务，凡蒙古、回部升降袭替、户婚田土、年班朝觐、仓粮军政以及议处议叙，并命盗案件，均关紧要。”《乾隆朝会典》中也规定“青海、厄鲁特、、准噶尔之地，咸入版图，其封爵、会盟、屯防、游牧诸政事，厥有专司。可见，作为管理边疆民族特别是蒙古、回疆及事务的中央机构，理藩院管辖着蒙古、回疆和地区的民事、行政和刑事等各项案件。
理藩院是清代蒙古及回疆地区的上诉机构，掌管着一般的刑事、民事案件，对于大多数的普通案件来说，其具有终审权。顺治八年（1652年）理藩院奏请获准“外藩蒙古人有讼，赴各管旗王、贝勒等处申告，若审理不结，令协同会审旗分之王、贝勒等公同审讯，仍不结，王等遣送赴院。”这表对于民事案件，理藩院具有独立的终审权。
理藩院的秋审权与其他民事、刑事案件的管辖权有所不同，与重大命案需要三法司会审式案件的管辖权也有所不同，由于秋审本身具有一定的象征意义，所以理藩院的秋审权也更多的是一种形式主义。关于理藩院所管辖少数民族区域的秋审案件，均由理藩院会同九卿进行秋审复核。
外交职能
理藩院的外交职能，主要是兼管位于西北两方陆路上合清朝相邻国家的外交事务，例如安集延、马儿格朗、霍罕、巴达克山等。其中，理藩院处理和的关系，在其外交事务中占有重要内容。理藩院管理对俄事务，主要包括三个方面：协调两国的外交关系，负责两国的贸易往来，管理在京的人员。
在清朝前期，在对俄交涉中理藩院处理了许多比较重大的事件。康熙十五年（1676年）五月，沙俄政府派遣尼果赖使团到达北京。在使团进入中国东北境内时，清政府的代表针对沙皇的侵略行径，向尼果赖严正指出“你们的人为数达三百人之多，直到最近还武装侵犯我国边境的村屯，图谋掳掠人口和进行洗劫”。尽管尼果赖拒绝清政府提出的停止领土侵略的要求，清政府还是给他以礼遇。同时，理藩院晓谕他“尔主欲通和好，应将本朝通逃根武木尔遣还，另简使臣，遵中国礼行，方许照常贸易”。
在尼果赖返回后五、六年间，沙俄对黑龙江流域的侵范由上游扩及到中、下游地区和额尔古纳河东岸，康熙二十二年（1683年）秋，康熙帝谕理藩院尚书阿穆瑚琅说：“鄂罗斯国罗刹等，无端犯我索伦边嘘，扰害良人，肆行抢称，妥魁根成木尔等逃人，过恶日甚”，“尔院即遵旨，明白具文，选招降罗刹内宜番、米海罗莫罗对，执书晓谕，彼有何言，令其回奏”。说明理藩院对于俄罗斯对中国北境进行侵略渗透时，是具有具体交涉和研究事务的作用的。理藩院遵照康熙谕旨，拟文派遣俄俘往雅克萨等处投递。
宗教职能
清朝统治者从皇太极到乾隆，一向对教采取利用态度，作为人民的精神鸦片，为巩固其封建政权服务，正如昭梿所说：“国家宠幸黄僧，并非崇奉其教，以祈福祥也。袄以蒙古诸部敬信黄教已久，故以神道设教，藉仗其徒，使其诚心归附，以障藩离。”清朝统治者在利用教方面采取了笼络教上层人士和修建庙两种措施，并以对加以恩惠的手段控制当地人民。理藩院管理事务，主要包括：
（1）登记造册呼毕勒罕。“凡有行者，能以神识转生于世，日呼毕勒罕。”所有都是由呼毕勒罕转生而来，需经理藩院登记。
（2）掌管金瓶掣签。、班禅既是的行政长官，又是宗教领袖，死后被认为还要转生，由死时的出生婴儿（灵童）继承职位。由于制度不严，往往出现数个“灵童”，引起继承权之争。加之大农奴主往往操控此事，积弊甚深。清政府为解决这一矛盾，规定凡出现两个以上“灵童”，便采取金瓶抽签的方法，中签“灵童”为合法继承人，这就是“金瓶掣签”制度。理藩院负责对金瓶掣签的掌管，以维护、班禅转生的合法性。
（3）办理的朝觐，在京的等级考核、职位升降、调补以及修建寺庙等。
其他职能
乾隆年间，由清政府所建的教寺院由理藩院负责，当时理藩院负责管理的40座寺院，有32座建在北京；在承德避暑山庄的有12座（溥仁寺、溥善寺、普宁寺、普佑寺、安远庙、普乐寺、普陀宗乘之庙、广安寺、殊像寺、罗汉堂、须弥福寿之庙、广缘寺）也归理藩院进行管理。其中，罗汉堂、广安寺、普乐寺三个庙，朝廷“向未安设”，由内务府管理；而溥仁寺、溥善寺、安远庙、广缘寺、普佑寺、普宁寺、须弥福寿之庙、普陀宗乘之庙、殊像寺9座庙设8个管理机构（普佑寺附属于普宁寺）由朝廷派驻，京师理藩院管理并逐月按人数由理藩院发放饷银，清正史文献将这9座寺庙称“外庙”，后俗称“外八庙”，这也就是现在承德避暑山庄外八庙的由来。