公元1644年，清朝定都北京，进而统一中国。清朝循历史定例在行使主权，只要前朝所封官员进送旧朝印信，即改授新朝印信，其原有地位不变。1652年，藏传佛教格鲁派五世应召到北京觐见清世祖顺治皇帝，次年受到清朝正式册封；后来，五世班禅又受到康熙皇帝的册封。
和班禅额尔德尼的封号和他们在的宗教地位由此被正式确立，此后历世、班禅须经中央政府册封遂成定制。1727年，雍正皇帝正式设立驻藏大臣处理事务。
清朝对的施政管理，在总结元明两朝治藏经验的基础上，根据实际情况和形势变化作了重大而全面的调整，例如：设置驻藏大臣总揽全藏；调整地方的政教管理体制；赐封、班禅额尔德尼名号，并确定了金瓶掣签制度；确立地方涉外事务、边境国防的决定权归中央等原则；勘定今与青海、四川、云南间的界线；规定、班禅额尔德尼的辖区及权限，划分了驻藏大臣直辖区。
顺治时期
由十七世纪中叶到二十世纪中叶，虽然时有外来势力介入，但一直与政权、历史息息相关的仍是政权。而政权的建立，五世居功其伟。五世（1617–1682）富有才能，公元1643年，他籍蒙古固始汗的兵力打败藏王，统一，建立了政教合一的“甘丹颇章王朝”。然后，又于清顺治九年（公元1652年），到北京朝觐，接受清廷的册封，更加巩固了他的地位。
他在世的时候，可以说是文化的黄金时代，不论经济、文学、艺术都有显著的发展，集艺术大成的布达拉宫，也在这时开始重建。
康熙时期
1709年清康熙四十八年，清朝廷派遣侍郎赫寿前往喇萨，办理事务。此为清代派遣大臣驻藏办理政务之始，但仅为临时派员，未成定制。1713年，清朝政府正式授予五世班禅金印、金册，确定班禅和的同等地位，“互为师”，谁大谁为师。
1716年，准噶尔部派兵入侵，攻打拉萨。1717年准噶尔汗国新可汗策妄阿拉布坦入侵青藏地区，灭和硕特汗国，并且占领拉萨。清军多次被准军击败，最後於1720年由胤禵率军驱除成功，协助七世入藏，以拉藏汗旧臣管理藏区，这是清朝经营青海、地区之始。
雍正时期
雍正时期，平定青海亲王罗卜藏丹津之乱後，雍正帝又在西宁与拉萨分置办事大臣与驻藏大臣以控管青藏地区。1718年，清朝由青海路出兵入藏攻打准噶尔军队，不过全军覆没。1720年，清政府派兵护送七世回藏。同年，後向清政府求援，清朝第二次出兵才赶走准噶尔军。清朝和准噶尔军在吐鲁番方面也有战斗。清政府从此在驻军。
1724年，清军击败准噶尔。1727年雍正五年正月，清世宗派遣内阁学士僧格、副都统马喇驻喇萨，“与、康济鼐、阿尔布巴等和衷办事”，并设立驻藏大臣衙门。自此，朝廷派驻藏大臣二员办理事务。
乾隆时期
1739年乾隆四年，晋封噶伦颇罗鼐为多罗郡王。1747年，颇罗鼐病故，其次子珠尔默特那木札勒袭封郡王。珠尔默特那木札勒“素不信奉，心怀仇隟”，表面上顺从驻藏大臣，暗中联络蒙古准噶尔部，伺机起兵反叛。
1749年，珠尔默特那木札勒攻杀其长兄“阿里公”珠尔默特策布登，控制了阿里。1750年，驻藏大臣傅清、拉布敦迫於情势，诱杀珠尔默特那木札勒，随後为其党羽卓呢尔（官名）罗卜藏札什所杀。随後，清朝廷派四川总督策棱领兵入藏平叛。清政府驻藏大臣制度最终确立，成为定制，不再册封噶伦为札萨克，防止权力集中於世俗贵族之手。
清朝末期
1911年10月10日宣统三年八月十九日、藏历第十五饶迥铁猪年，武昌起义爆发，辛亥开始，以孙中山为首的党人一度主张“驱逐鞑虏”，排斥满族，建立汉族内地十八行省的政权（后来孙中山发现此议欠妥，遂改为“五族共和”）。边疆非汉族地方产生动荡和，清朝建立的国家出现分崩离析的危险，新疆、蒙古、地方纷纷出现分离倾向。
驻地方的清军军队是川军，成分很多是四川哥老会成员，武昌起义爆发和清帝逊位的消息传播到边疆少数民族地区，军队是发生了内讧，有拥护共和，有主张勤王，也有自行返回内地以自保。各派自相残杀，军饷也断绝了，清军在地区开始大肆抢劫。清朝中央政府派驻的大臣联豫、钟颖等人只知道借机谋取私利，地区极度混乱。
11月，驻拉萨清军发生内讧，部分官兵囚禁了末代驻藏大臣联豫，更有士兵乘机钞略百姓，攻击寺院。拉萨陷入混乱状态。1911年冬天，清四川总督赵尔丰在成都被过激民众处死，局势剧变，西康地区也发生严重。至1912年底清军及驻藏大臣全部撤出。