庄子在哲学思想上继承和发展了老子“道法自然”的思想观点，使道家真正成为一个学派，他自己也成为了道家的重要代表人物，与老子并称“道家之祖”。庄子的才学不可小视，然而其要本归于老子之言，故其著书十余万字，大多都是寓言，如其中的《渔父》《盗跖》《胠箧》等篇，都是用来辨明老子的主张的。他把“贵生”“为我”引向“达生”“忘我”，归结为天然的“道”“我”合一。
庄子认为，“道”是客观真实的存在，“道”是宇宙万物的本源。《庄子·让王》说，大道的真髓、精华用以修身，它的余绪用以治理国家，它的糟粕用以教化天下。《庄子·秋水》又说，不要为了人工而毁灭天然，不要为了世故去毁灭性命，不要为了贪得去身殉名利，谨守天道而不离失，这就是返璞归真。他认为，“道”是无限的、“自本子根”、“无所不在”的，强调事物的自生自化，否认有神的主宰，提出“通天下一气耳”和“人之生气之聚也，聚则为生，散则为死。”他的思想包含着朴素辨证法因素。他认为“道”是“先天生地”的，从“道未始封”（即“道”是限差别的）。
庄子认为人活在世上须旷达处之泰然，如“游于羿之彀中，中央者，中地也；然而不中者，命也”（《内篇·德充符》）。庄子一再强调君主的残暴。他说：“回闻卫君，其年壮，其行独；轻用其国，而不见其过；轻用民死，死者以国量乎泽若蕉，民其无如矣。”所以他不愿去做官，因为他认为伴君如伴虎，只能“顺”。“汝不知夫养虎者乎！不敢以生物与之，为其杀之之怒也；不敢以全物与之，为其决之之怒；时其饥饱，达其怒心。虎之与人异类而媚养己者，顺也；故其杀者，逆也。”还要防止马屁拍到马脚上，“夫爱马者，以筐盛矢，以蜄盛溺。适有蚊虻仆缘，而拊之不时，则缺衔毁首碎胸。”伴君之难，可见一斑。庄子认为人生应该追求自由。
庄子的“道”是天道，是效法自然的“道”，而不是人为的残生伤性的。在庄子的哲学中，“天”是与“人”相对立的两个概念，“天”代表着自然，而“人”指的就是“人为”的一切，与自然相背离的一切。“人为”两字合起来，就是一个“伪”字。庄子主张顺从天道，而摒弃“人为”，摒弃人性中那些“伪”的杂质。顺从“天道”，从而与天地相通的，就是庄子所提倡的“德”。在庄子看来，真正的生活是自然而然的，因此不需要去教导什么，规定什么，而是要去掉什么，忘掉什么，忘掉成心、机心、分别心。既然如此，就用不着宣传、礼乐教化、仁义劝导。这些宣传、教化、劝导，庄子认为都是人性中的“伪”，所以要摒弃它。在庄子看来，不滞就是于自然无所违，不凝滞于任何思想、任何事物，从而达到圣人不凝滞于物的境界。吾生有涯，而知也无涯，以有限的生命去极端的追求无穷的知识、利益，而忽略身边一切的美好这是滞碍郁滞的。庄子认为只有不滞于不滞，才可乘物以游心，而不被任何思想、利益所奴役、所累，才是全生。这对中国后世哲学、艺术、各宗教经典产生了深远的影响。
庄子在《齐物论》中提出了“万物齐一的认识原则，主张人应突破自我形躯的局限而对万物加以整体性把握。因此，他对现存的各式知识系统持蔑视态度，认为仅以经验获得的知识含有极大的片面性，并把他们统统归结为“道隐于小成，而言隐于荣华”，表现在现实生活中就是各囿于己见，人人自我执著，一副“喜怒哀乐，虑叹变热，姚供启态”纷争纠结之态。
庄子的认识思想的确是很独特的。照庄子的逻辑，道是无分别、的混沌，因而它不是理性的对象：“夫道，有情有信，无为无形，可传而不可受，可得而不可见；自本自根，素有天地，自古以固存。”一方面，道是真实存在的，所谓“自本自根”、“自古以固存”，所以道是有；另一方面，道又不同于具体之存在，它“无为无形”，因而道又是无。但它不是虚空之无，而是涵盖了万有的无。所以道既派生了万物，又不滞于万物中，表现出超越性与内在性的统一。由此也决定了人对道的认识既不能是简单的经验认识，也不能是理性的逻辑推理，而必须是物我、主客为一的内在观照，即超验的形上学的观照。庄子曾说：“古之人其知有所至矣，恶乎至？有以为未始有物者，至矣，尽矣，不可以加矣。”这里的至知，就是从知进入到不知的浑池的能观照一切的知识境界。道由于其不可言说性和无限性，对道的体认实际上就是超越理性的直觉认知过程。
作为道家学派始祖的老庄哲学是在中国的哲学思想中唯一能与儒家和后来的佛家学说分庭抗礼的古代伟大学说。它在中国思想发展史上占有的地位绝不低于儒家和佛家。
庄子和儒墨有一点很大的不同，儒家墨家推崇圣人，而道家则反对推崇圣贤。《庄子·胠箧》：“故绝圣弃知，大盗乃止；擿玉毁珠，小盗不起；焚符破玺，而民朴鄙；掊斗折衡，而民不争；殚残天下之圣法，而民始可与论议。擢乱六律，铄绝竽瑟，塞瞽旷之耳，而天下始人含其聪矣；灭文章，散五采，胶离朱之目，而天下始人含其明矣。毁绝钩绳而弃规矩，攦工倕之指，而天下始人含其巧矣。故曰：大巧若拙。”这就是宣扬“绝圣弃知”的思想。庄子反对“人为”，理想的社会是所谓“至德之世”。《庄子·应帝王》：“南海之帝为儵，北海之帝为忽，中央之帝为浑沌。儵与忽谋报浑沌之德，曰：‘人皆有七窍以视听食息。此独无，尝试凿之，’日凿一窍，七日而浑沌死。”这是主张自然，反对人为的寓言。另外，庄子反对儒家的等级观念，儒家说“君君臣臣父父子子”，庄子认为“道通为一”，认为道在万物，万物平等。
庄子思想中一个重要组成部分，就是相对论认识。庄子的自然原则是和相对主义联系在一起的。庄子认为事物总是相对而又相生的，也就是说任何事物都具有既互相对立，又互相依赖的正反两个方面。庄子还认识到事物的变化总是向它对立的方面转化，宇宙万物尽管千差万别，而说到底又是齐一的，没有区别的。他认为确定认知的标准是困难的，甚至是不可能的，因为任何认知都会受到特定条件的限制，受到时空的制约。
庄子的相对主义一方面是对老子朴素辩证法思想中消极因素的发展，他无限夸大老子的“玄同”思想，从根本上取消的事物的“彼”“此”差别，得出了“齐万物而为一”的相对主义结论；另一方面，在庄子以前或与庄子同时的哲学家，大多有独断论的倾向，庄子的相对主义是作为他们的独断论的对立面而出现的。庄子的相对主义思想首先表现为否定客观事物物质的区别。其次，在认识论上，庄子片面强调认识的相对性的一面，认为人的感性和理性都不足以信赖，因为他们都是相对的。他看到一切事物都处在“无动而不变，无时而不移”中，却忽视了事物质的稳定性和差别性，认为“天下莫大于秋毫之末，而泰山为小；莫寿乎殇子，而彭祖为夭”。他认为，天人之间、物我之间、生死之间以至万物，只存在着无条件的同一，即绝对的“齐”；主张齐物我、齐是非、齐生死、齐贵贱，幻想一种“天地与我并生，万物与我为一”的主观精神境界，安时处顺，逍遥自得，而学“道”的最后归宿，也唯有泯除一切差异，从“有待”进入“无待”。在思辩方法上，把相对主义绝对化，转向神秘的诡辩主义。
庄子思想中另一个重要部分是游世思想，尤其在内篇七篇，游世几乎是核心思想。游世思想的内涵相当复杂。庄子一方面是以故意的玩世不恭态度，继承了隐者传统的心情灰暗的主题叙述，就是以轻视现实和躲避矛盾，来保护一种弱意义的生存欲求。可是另一方面，庄子又认为在这样黑暗的存在背景中，隐者传统意义的个人出路是根本不可能的。所以，庄子干脆把一种故意不肯负责任的游戏态度贯彻到底，不仅游戏地对待现实世界，而且游戏地对待个人生死，游戏地对待人生一切可能的期待，传统隐者始终小心翼翼保护着的软弱的个人生存渴望被庄子戏谑地扔进黑暗的游戏世界之中。
因此，在庄子游世思想中实际上隐含着一个新的主题，这就是以带有自嘲意味的自我放逐心情，来与一个黑暗的世界对抗。这里的对抗不是正面反抗，而是摆出一切皆不在乎的姿态，直视黑暗世界任何可能的恶意摆布，并且以对这种恶意摆布的戏谑的欢迎，表达对这个黑暗世界的嘲讽。游世思想这一隐蔽的主题，与寻求个人内心安宁的传统的自我保护主题，在庄子文中并不是截然分开的两种叙述，而是混合在同一种词句奇诡变化的叙述之中。两种主题都是真实的，可是相比之下，以彻底的戏弄姿态对抗和嘲讽的主题，更深刻地表达了庄子对人在天地之间无路可走这一绝望处境所作的回答。