日本明治年间，明治政府主导被称“明治维新”的资产阶级改革，宣布“废刀令”等政策，废除了士族的特权。
1876年（明治9年）10月24日，旧肥后藩的士族太田黑伴雄、加屋霁坚、斋藤求三郎等共约170人组成敬神党，因反对明治政府的废刀令而掀起叛乱。因为敬神党常被人称为“神风连”，所以这次叛乱被称为神风连之乱。
倒幕成功后的明治维新，在最开始并未给予维新主力的下层武士们多少好处。
相反，“士农工商、贱民”的封建世袭身份制的废除，在一定程度上实现四民平等的同时，也取消了武士阶层曾经享有的特权。此后几年，“征兵令”和“禁止复仇令”的颁布，进一步剥夺了武士存在的必要，本来就没有什么生活来源同时也不太会自力更生的武士们对此大为不满。
明治维新初期阶段，由萨摩，长州，土佐的武士们组成“官军”一直担当维护国内治安的任务。但随着倒幕运动的进展，明治政府渐渐意识到单单依靠没有经过系统化训练的武士组成的军队战力完全不足，借鉴外国的做法，明治政府打算实行征兵制。要实现征兵制，明治政府首先要做的就是改革原先各藩分治所领的制度，逐步向中央集权过渡，将各藩的武士集中到政府直接控制的军队中。
同时又取消了一些武士原有的特权，诸如废刀令的实施，允许普通平民也可以随意取苗字，断发令，并且停止了武士们的俸禄。征兵制的实行使旧时代的武士备感困惑。
同时原先拥有比一般平民高贵身份的武士一下子被剥夺了众多特权，没有了俸禄的武士更是一下子陷入了生活困窘的状态中。而废刀令的实行更使武士们感到所谓武士之魂的丧失殆尽。
禁止士族等佩刀的太政官布告。1876年(明治9年)3月28日公布。除穿大礼服者、军人、官以外，禁止佩刀。1870年12月已发布《禁止庶民佩刀令》，1871年8月又发布《剪发卸刀令》，促进打破陋习的风气，但并非强制执行，所以士族佩刀者仍很多。
于是，配合实施《征兵令》，特发布废除佩刀的命令。结果，引起一部分士族发动神风连之乱等抵抗政府。
1876年10月24日深夜，敬神党分为数队，分别袭击熊本镇台司令官种田政明宅、熊本县令安冈良亮宅，种田政明、安冈良亮及其他4名县厅官员被杀。之后，敬神党全员袭击政府军所在的熊本镇台（位于熊本城内），将城内的兵士们依次杀害后，控制了炮兵营。
但是到了第二天早上，政府军一方的儿玉源太郎等将校赶至熊本城。在儿玉源太郎的指挥下，政府军重整军容，开始了真正意义上的。加屋霁坚、斋藤求三郎等中弹身亡。首谋者太田黑伴雄也中弹，身负重伤，躲至附近的民家，不久自尽。失去了指导者的敬神党开始败退，其中大部分人自尽。
未的残余敬神党约50人被捕，其中一部分被斩首。
神风连之乱是针对秩禄处分、废刀令等废除士族特权的明治政府新政不满而爆发士族叛乱的开端。与神风连之乱相呼应的叛乱事件还有约同时期的秋月之乱、萩之乱，及第二年的西南战争。