清兵定都北京后,启用明朝旧臣,他屡接诏书。于1646年(顺治三年)正月应诏到北京上任。历任内翰林国史院编修、礼部会试副主考官、侍讲学士、内翰林国史院侍讲学士、秘书院掌院学士、吏部右侍郎、翰林弘文院大学士、吏部尚书等职。 1655年(顺治十二年)5月免去吏部尚书之职,回弘文院加少保兼太子太保,不久调任秘书院大学士。1657年(顺治十四年)一品考绩期满,升少傅兼太子太傅,诰授光禄大夫。翌年8月,清廷改院为阁,以少傅、文华殿大学士兼管吏部尚书之职,参谋朝廷机要事宜,其权势在一人之下万人之上。对朝廷谠论,常为皇帝所采纳,其文章与诗词、歌赋尤为顺治所赏识,不仅是顺治帝言听计从的宠臣,也是文墨挚友。顺治帝晚年迷于佛学,他上疏劝谏,失去了顺治的信任。他的反对派乘机以打击同僚、贩买私盐等罪名上疏他,顺治帝将他调吏部铨叙部。 1660年(顺治十七年)3月20日,顺治当众宣读了他的奏疏,想让他承认错误,以图和解,他却暴跳如雷,竭力争辩。顺治大怒,将他置于法司,从宽免死,家产之半入旗,不许回籍,其亲朋故旧皆受株连。他从此一,于1661年(顺治十八年)12月20日辞世,寄厝于北京西直门外。 1706年(康熙四十五年),康熙帝准其归葬。同年9月,刘氏亲族将其灵柩运回安丘城,重新安葬于城东北的刘氏祖茔内。 乾隆帝登基后,平反昭雪清初的冤假错案,认为他仕清以来清正耿介,政绩卓著,之所以被罢官削籍,是朝廷内所致,无反清罪行,又是顺治帝亲政以来多年的宠臣和诗友,故于1737年(乾隆二年)正月降旨定他为顺治帝祀庙的配享。同年2月,又降诏恢复原职,诰授光禄大夫、少傅、大学士,其长辈俱受赠,晚辈皆得荫。