在隋炀帝大业十三年（公元617年）四月，正值岁荒民饥，盗贼蜂起，金城县令郝瑗为讨灭贼寇而募兵数千人，并交由当时担任金城府校尉的薛举统领。 然而，等到分发铠甲之日，薛举却与儿子薛仁杲及其党羽以及他们的人马发起兵变，劫持上司郝瑗，正式走上了举兵割据之路。薛举为收拢民心，下令开仓散粮以赈济贫弱，由此深得民心。随着薛举占据金城后自称西秦霸王，并以郝瑗为首席参谋，一边招降周边的群盗，一边在四方扩张领土，达到了极其强盛的地位。不久，薛仁杲继承权位，成为西秦霸王的继任者。薛仁杲及其父亲的所作所为在当时极为震惊，也是历史上不可避免的悲剧。薛举被其部众的推崇所接受，于兰州登基称帝，其国号仍为西秦（注：后世史家为将该政权与两晋十六国期间的西秦区别开来，因此又称其为薛秦），并册立薛仁杲为太子。
薛举僭号称帝后，并不满足于占有陇西一隅之地，曾试图向西夺取凉州（此时为大军阀李轨所占据）却失败了。接下来，他开始将注意力东移，想要攻占长安，夺取关中。然而，这时关中的主人已经从隋恭帝杨侑换成唐高祖李渊，后者为完成统一大业而试图先解决西边的威胁。在这种情况下，西秦与唐朝成为难以协调的死敌，唯有通过战争方能解决双方的利益冲突。
武德元年（公元618年）六月，就在李渊称帝后的次月，薛举率领国中精锐东侵，倾全力发动进攻。1个月后，西秦与唐朝在高墌城（今陕西省长武县东北）附近的浅水原遭遇，两军大战一触即发。由于唐军主将李世民身患重病无法指挥战斗，而奉命指挥军队的行军长史刘文静、司马殷开山接连不听从主帅的告诫，擅自发动进攻。最终，在混战中被敌军追击。在经历着一番偷袭后，薛举最终大败亏输。
经过这场大战，唐朝的八位行军总管都被打得节节败退，牺牲率高达50%-60%。就连骁勇善战的大将军慕容罗睺、李安远、刘弘基也倒下了，可谓全军覆没。战后，李世民狼狈逃回长安，薛举则乘胜占领高墌，并将唐兵的尸体堆成京观——一个古代用于聚集战胜敌人的尸体，并封土而成的高冢，以夸耀胜利。
浅水原之战后，薛举计划再接再厉，一举击败唐朝，然后出关作战，最终完成统一海内的伟业。可惜，他没能实现这一计划。在准备再次出兵时，他突然患上了重病，卧床不起。随军的巫师说是战死的唐朝士兵的怨灵在作祟，这令他非常讨厌和恐惧。没过多久，薛举便离世了，死亡时间在同年八月。距离浅水原之战仅过去一个月而已。
薛举病逝后，薛仁杲登基称帝，并继续与唐朝进行战争。根据正史记载，薛仁杲身材魁梧雄壮、勇猛善战，在军中被尊为“万人敌”。但是，他的性格严苛残酷，喜欢对俘虏进行酷刑折磨，令人憎恶。薛举的酷刑如断舌、割鼻、舂斮等手段使他受到国人的反感和厌恶，称帝后对臣属同样残忍暴虐。稍有不满意就将他们处死，国人对他的统治普遍不满。更不幸的是，薛举和他的儿子最倚重的大谋士郝瑗很快便病故，导致西秦国势迅速下滑。
西秦政局的变动为唐朝提供了良机，同年十一月，李世民率军西征，在高墌城大败由宗罗睺指挥的秦军，斩杀数千人，史称第二次浅水原之战。战事结束后，李世民继续追击，将薛仁杲所驻守的泾川城围得水泄不通。由于薛仁杲的统治使他失去了军心和民心，因此在半夜的时候，守城将士纷纷下城投降。尽管薛仁杲采取了大肆杀戮的行动来阻止，但这终究无济于事。
同年十一月初八，自知无力回天的薛仁杲放弃了抵抗，亲自率领文武百官出城投降。
西秦帝国在成立不到两年的时间里便遭到了覆灭。薛仁杲在投降后被李世民押解至长安，并连同数十名心腹党羽在闹市被斩首示众。随着西秦的灭亡，新生的唐朝解决了后顾之忧，自此便放眼于出关作战，仅用了七至八年的时间便陆续削平各个群雄，实现了海内一统的局面。
此外，值得一提的是薛仁杲与薛仁贵之间的关系，两者之间基本上没有什么关系，甚至可以忽略不计，充其量只是远房亲戚的关系。