当年，同治帝自己选立皇后阿鲁特氏，而慈禧却偏偏让同治帝去喜欢慧妃，结果闹得不和。这次慈禧为光绪选配叶赫氏为皇后，可光绪又偏偏喜爱珍妃他他拉氏，其结果可想而知。那时，光绪明明知道痛爱珍妃，就要冒犯皇后，而与皇后不睦，即即是开罪慈禧太后。然而，慈禧可以在任何事情上迫使光绪就范，惟独在情爱和情感上无法以己之所愿强加于人。据《悔逸斋笔乘》纪录：光绪十八年(1892)仲夏之时，一天，光绪与隆裕皇后为小事争吵，隆裕跑到慈禧眼前哭诉其事。慈禧震怒，对身边的人说：皇上是我所立，实乃忘恩之举，隆裕是我的亲侄，唾骂皇后就是对我最大的不敬，实在难以忍受。接连数日，光绪入宫请安，慈禧一言不发。今后光绪与慈禧的嫌隙就算形成了。
苦闷的帝王生涯
扁绪临朝亲政后，五十三岁的慈禧，表面退居颐和园颐养天年，实则权势依旧，裁决政事，一如既往。她一方面到处限制光绪的权利，国家重要大事都要承袭她的懿旨去办理；一方面又通过自己的侄女——隆裕皇后及知己太监李连英等人，暗中监督光绪的行踪。并规定：光绪每隔一日，必需亲往颐和园向她报告政务，听候训示。乃至光绪常常披着星星来，头顶月亮去，饱受奔忙，遇有重大事情，更得随时叨教，名为帝王，实为傀儡。
扁绪的理想不能得以实现，日久天长，精神愈加抑郁，情志愈益不畅，宿病不去，又添新愁。从脉案看，在相当一段时间内，光绪体质虽未见好，遗精及腰背酸沉等病仍在继续，但诊病和吃药的次数却相对减少。这主要是光绪力求在上有所作为，以挽救他那风雨飘摇的政权，整天忙于政务，关注****，别的，还要随时应付慈禧的训斥，一时无暇顾及诊病吃药。
疾病缠身的光绪亲政后的第一件大事，就是遭逢日本侵犯朝鲜，进而侵犯中国。
扁绪帝违背母后之意，决心援朝抗日，但溃烂的体制导致战争失败，签订《马关公约》，失地赔款，这虽使他受到重大打击，加深了的不和，但也引发他力求革新，富国强兵的大志。光绪帝在康有为、梁启超等人的影响下，在珍妃的努力支持下，于光绪二十四年四月二十三日(1898年6月11日)，颁布明定国是诏，公布变法，强调博采西学，推行新政，授予康有为专折奏事特权。
那些保守的亲珍贵臣畏惧光绪帝王在革新中触动他们的职位，纷纷投靠慈禧并勉力教唆他们的关系。慈禧也深恐光绪革新的成功会影响到她的。这样朝臣内呈现了后党与帝党，双方铺开了猛烈的斗争。光绪亲政的十年，是他与慈禧进行和权利斗争的十年，从中日甲午战争到戊戌变法运动，双方矛盾日益锋利化。
扁绪二十四年七月二十九日，光绪帝到颐和园见慈禧太后，慈禧太后明了表示要废掉光绪帝，并图谋由北洋总督荣禄，在九月初帝王、太后到天津阅兵时，破除光绪帝，形势危急。光绪帝当天就给帝党人物杨锐发下密谕：朕惟时局艰难，非变法不足以救中国，非去保守衰谬之大臣，而用通达英勇之士，不能变法。而皇太后不觉得然，朕屡次进谏，太后更怒。今朕位几不保，汝康有为、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第等，可妥速密筹，想法相救。朕十分焦灼，不胜盼望之至。特谕。
杨锐怯弱，将密谕扣住不传他人，光绪等不到回音，急不择路，于八月初一、初二持续两次召见袁世凯，晋升他为侍郎衔，让他专办练兵事宜，想以此使袁世凯感恩报德，尽忠帝王。同时，光绪帝于八月二日另有一道密谕给林旭，让他转告康有为迅速离京。林旭将两道密谕同时转给康有为、谭嗣平等人，大家看了十分感动，但都束手无策，最后也以为只有拉袁世凯，由谭嗣同出面请袁世凯，顿时举兵，先杀掉荣禄，回兵包围颐和园。袁世凯表面上满口承诺，八月五日回到天津，却在八月六日顿时向荣禄告发。
八月初四日，慈禧太后由颐和园回城，住中南海仪鸾殿，第二天祭蚕神，立即回颐和园。回园顷接荣禄密电，顿时乘轻轿返城，重返南海瀛台。返瀛台后当即传光绪来见，见到光绪，慈禧太后破口痛骂，骂他忘恩负义，恩将仇报。在以慈禧为首的保守势力的反对和下，变法运动最终失败，康有为、梁启超出逃，谭嗣平等戊戌六君子遇害，光绪本人亦被软禁在中南海瀛台，他的生涯实际上到此已经结束。今后，光绪渡过了十年没有人身自由的阶下囚生活。他虽然名义上仍保持着帝王的名位，但实际已没有了帝王的权威。戊戌变法失败后，慈禧又将光绪挚爱的珍妃囚禁在钟粹宫后北三所，而且给她立下了一条规矩，此后不许觐见皇上。