４．坐镇关中 保障军饷
汉元年(公元前206年)八月，刘邦率军悄悄离开南郑，采纳了张良、韩信所献的明修栈道，暗渡陈仓之计，挥师东进，留下萧何负责征收巴蜀之税，供给军粮。汉军将士人蜀后，思念家乡，东归之心甚切，一旦东归，个个如猛虎下山，奋勇争先，直杀得雍王章邯的兵马丢盔卸甲，落荒而逃。汉军一路势如破竹，不到一个月便占据了三秦之地。刘邦令萧何坐镇关中，安抚百姓，同时负责兵员和粮饷的筹措与补给，自己则率大队人马浩浩荡荡地向彭城进发。
由于几经战事，这时的关中已是满目疮痍，残破不堪，秦都咸阳被项羽放火烧了3个月，已成一。片瓦砾。萧何留守关中后，马上安抚百姓，恢复生产，全力收拾关中的残破局面。他一方面重新建立已经散乱的统治秩序，另一方面对百姓施以恩惠，以定民心。他不仅颁布实施新法，重新建立汉的统治秩序和统治机构，修建宫廷、县城等等。另外又开放了原来秦朝的皇家苑囿园地，让百姓耕种，赐给百姓爵位，减免租税等等。他还让百姓自行推举年龄在50岁以上、有德行、能做表率的人，任命他们为三老，每乡一人；再选镑乡里的三老为县三老，辅佐县令，教化民众，同时免去他们的徭役，并在每年的年末赐给他们酒肉。这样，由于萧何办事精明，施政有方，颁布利民法令，农业生产迅速得到恢复，建立了稳固的后方，保障了前线的需要。
汉二年，刘邦乘项羽大军东征之机，乘虚而入，攻占了项羽的老巢彭城(今江苏徐州)。汉军进驻彭城后，被胜利冲昏了头脑，麻痹大意，放松的警惕，不久便被项羽率3万精兵绕道杀回，将刘邦团团围困于彭城灵壁(今安徽濉溪市南)。幸亏陈平献金蝉脱壳之计，才得以带着数十骑残兵败将逃回荥阳。这时，关中的壮丁多数已被征发，萧何便调拨老弱及不到服役年龄的少年到荥阳增援，韩信也收兵与刘邦会师，刘邦这才得以重振旗鼓，与项羽大军相持于荥阳、成皋一带。当时，萧何坐镇关中，征发兵卒，运送粮草，供应汉军；侍奉太子，制定法令规章，建立宗庙秩序。有关事项每次报呈刘邦，刘邦总是同意，允许照办。即使来不及报告，萧何也可以根据具体情况先行执行，等汉王回来再作报告。刘邦几次战役，弃军逃跑，当时萧何若稍有二心，便可置刘邦于死地。可萧何每次都征发关中兵，补足汉军缺额，刘邦也因此得以重新振作，多次转危为安。公元前203年，项羽也由于连年战争，陷入了兵尽粮绝的困境。而刘邦的部队，却由于萧何坐镇关中，不断地向前方输送粮食和兵力，形成了兵强粮多的好形势。后来，刘邦越战越强，终于逼得项羽兵败垓下，自刎乌江。
５．开国首功 位列三杰
消灭项羽、平定楚地后，诸侯联名上《劝进表》给刘邦，推举他为皇帝。公元前202年二月初三，众诸侯及太尉长安侯卢绾等300多人，恭听了刘邦即帝位的诏书。刘邦称帝后，在洛阳南宫大宴群臣。席间，觥筹交错，君臣共饮。刘邦显得特别高兴，他说：你们都说实话，我为什么能够夺取天下？项羽又为什么会失去天下？群臣众说不一。刘邦最后说：你们只知其一，不知其二。运筹于帷幄之中，决胜于千里之外，我不如子房(张良)；镇国家、抚百姓、供军需、给粮饷，我不如萧何；指挥百万大军，战必胜，攻必克，我不如韩信。这三个人都是人中豪杰，我能用他们，所以能得天下。项羽只有一个范增还不能重用，因此最后败在我的手中。不难看出，刘邦认为张良、萧何、韩信是他最得力的功臣，这三人亦被称为汉初三杰。其后，刘邦行赏。定萧何为首功，封他为酆侯，食邑最多。许多功臣心里愤愤不平，私下里议论不休。他们说自己跟随刘邦辗转南北，身经百战，而萧何只不过坐在家里发发议论，做做文字工作而已，毫无战功，为什么他的食邑反而比我们多呢？刘邦闻知此事后，就对他们说：你们知道猎人吗？打猎的时候，追杀野兽的是猎狗，而指示行踪，放狗追兽的是人。如今诸位只是能猎获野兽，相当于猎狗的功劳。至于萧何，他能放出猎狗，指示追逐目标，那相当于猎人的功劳。况且你们只是一个人追随我，多的也不过带两三个家里人，而萧何却是全族好几十人跟随我，这些功劳怎么能抹杀呢？众人听罢，都无言以答。诸侯分封完毕，接着是排位次。群臣都说：平阳侯曹参跟随陛下南征北战，身受70余处战伤，攻城掠地，功劳最多，应排第一。刘邦已经压过大家一次，重封了萧何，对排位次的事就不好再说什么，不过他心里仍然认为萧何应该排在第一位。这时，关内侯鄂君说：在楚汉战争中，陛下有好几次都是全军溃败，只身逃脱，全靠萧何从关中派出军队来补充。有时，就是没有陛下的命令，萧何一次也派遣几万人，正好补充了陛下的急需。不仅是士兵，就是军粮也全靠萧何转漕关中，才保证了供应。这些都是创立汉家天下流传后世的大功劳，怎么能把像曹参等人只是一时的战功列在万世之功的前面呢!依臣之见，萧何应排第一，曹参第二。鄂君的这番议论，正中刘邦下怀，于是顺水推舟，把萧何排为第一，准许他穿鞋带剑上殿，并封了萧何的父子兄弟10多人。这样，萧何位列众卿之首，被称为开国第一侯。
刘邦行赏、分封诸侯后，定都的问题又迫在眉睫。起初，打算定都洛阳，后来戍卒娄敬面见刘邦，建议依借关中的险要形势，定都咸阳(今陕西长安县西北)。刘邦征求张良的意见后，当即决定定都咸阳。并封娄敬为奉春君，赐姓刘。于是，刘邦暂居栎阳，命丞相萧何营建咸阳。公元前199年，皇宫竣工，萧何奏请御驾往视。刘邦于是从栎阳到咸阳，萧何接驾，导入游观。最大的一座，叫做未央宫，周围的有二三十里。东西两方，阙门最广。殿宇规模，亦皆高敞，尤以前殿最为豪华壮丽。武库、太仓，分建殿旁，气象巍峨。刘邦巡视一番后，嫌宫室过于壮丽豪华，责备萧何道：朕之起义，原为救民。现今天下初定，民穷财尽，怎将这座宫殿造得如此奢华？萧何见汉帝责怪，不慌不忙地说：正因为天下刚刚安定，才好借机会多征发些人和物来营建宫室，况且天子以四海为家，宫室壮丽才能显出威严，也免得子孙后代再来重建。刘邦见萧何回答的如此得体，便转怒为喜道：如此说来，朕未免错怪你了。萧何听汉帝在安慰自己，接着说：微臣此事虽蒙陛下宽宥，但来日方长，难免有误，尚望陛下有以教之。汉帝微笑着说：你做事颇有远见，朕记得当年攻破此地时，诸将乘乱人宫，未免有所携取，惟汝只取书籍表册而去，目下办事有条不紊，方便多了。萧何亦笑道：臣无所长，一生为吏，对于前朝典籍，视为至宝，平日得以借鉴。今为陛下一语道破。陛下天资聪慧，事事留意，真非臣下可及万一也。汉帝听了大喜，便指着未央宫的四周，对萧何道：此处可以添筑城垣，作为京邑，就叫长安吧。从此，咸阳便更名为长安了。至此，西汉建都长安，历时200余年，萧何成为该城的最早规划和设计者。